前總統馬英九卸任後官司纏身，被告發超過300件官司，其中最受矚目案件，除了今獲判無罪的三中案，還包括「馬王政爭」洩密、大巨蛋圖利遠雄、太陽花學運殺人未遂，連同他先前遭起訴台北市長任內詐領特別費等4大案，所幸迄今關關難過關關過，除了大巨蛋案檢方查無不法簽結，其餘3案都經纏訟多年，才獲判無罪確定，而接下來馬英九的三中案是否能夠一路無罪確定，平安度過第5關，外界將拭目以待。
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●馬王政爭洩密案：
馬英九卸任後面臨的頭號官司為「馬王政爭」洩密案，2013年間特偵組監聽民進黨立院黨團總召柯建銘涉一起弊案，意外發現柯建銘疑請託立法院前院長王金平關說柯另涉全民電通背信案，檢察總長黃世銘在特偵組2013年9月6日召開記者會公布監聽內容前，夜奔總統官邸向馬英九報告相關偵查機密，馬英九又轉告時任行政院長江宜樺、總統府副秘書長羅智強商討對策，結果不但釀成「9月政爭」，柯建銘也怒告馬英九洩密，馬英九卸任後，台北地檢署於2017年3月依《刑法》洩密罪、違反《通訊保障及監察法》、《個人資料保護法》等罪將他起訴。
台北地院認定馬英九轉告相關偵查機密，只是行使《憲法》賦予總統的「院際調解權」，2017年8月判馬英九無罪；但二審高等法院認為當時並無院際爭議，逆轉改判馬英九有罪，應處4月徒刑；案經上訴最高法院撤銷發回，高院更審再改認定當初是黃世銘「主動求見交付內容」，馬英九則是「被動接收」，主觀上認定只是「行政不法」，且總統不受偵查不公開限制，2019年7月改判馬英九無罪確定。
●太陽花學運殺人未遂案：
政院驅離案源於2014年3月爆發太陽花學運，學生佔領立法院後，一度闖入行政院企圖佔領，被稱為「323事件」，當時馬英九、江宜樺下令強制驅離闖入行政院的群眾，結果警方強力驅離行動中，釀成174人受傷，其中37人控訴遭警暴力毆打，自訴提告馬英九、江宜樺及時任警政署長王卓鈞、中正一分局局長方仰寧殺人未遂罪，一路纏訟至2020年9月，高院更二審才判馬英九等人無罪確定。
●大巨蛋圖利遠雄案：
馬英九卸任總統後，台灣永社等團體告發馬英九擔任台北市長期間處理大巨蛋案，涉嫌挑選建議名單以外的甄審委員，還在議約過程中免除遠雄集團的營運權利金，涉犯圖利罪，台北地檢署查出時任台北市財政局前局長李述德在營運資產、地上權、違約金、權利金的部分故意開小門圖利遠雄，依《貪污治罪條例》圖利罪起訴李述德。
至於馬英九涉案部分，因李述德供稱零權利金一事是議約技巧，並無上級指示，馬英九應訊時也供稱只是授權李述德處理大巨蛋案，並未指示他如何談判，北檢認為沒有證據證明馬英九涉及不法，2018年7月將馬英九涉大巨案的部分簽結。
●特別費案：
2007年馬英九當選總統前，遭當時高檢署查黑中心起訴詐領首長特別費，檢方指控馬英九擔任台北市長任內，涉嫌詐領特別費中不需用單據核銷部分1117萬餘元，馬英九則在被起訴當天，憤而宣布參加2008年總統選舉以明志。
全案歷審都認定特別費屬首長實質補貼，馬英九使用特別費均符合規定，沒有不法犯意，2008年4月判決無罪確定，讓馬英九以清白之身就職總統。
也因為特別費案獲判無罪，馬英九另挨告於1999年寵物狗「馬小九」生病期間支用特別費7萬9700元用於住院治療費用，以及市長任內每月轉特別費半數17萬元到妻子周美青帳戶名下涉嫌貪污，都在2017年3月獲不起訴。（李奕緯／台北報導）
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