促選會前副研究員吳佩蓉質疑嘉義市長黃敏惠的碩士論文，連畢業學校嘉義大學圖書館也查不到，「比抄人更省力」。對此，嘉義大學今天凌晨1點緊急發表聲明，指黃經公開招生考試，包含筆試及口試，於2002年9月就讀該校管理研究所碩士在職專班（EMBA），2005年1月通過學位口試取得管理學碩士學位。黃敏惠則在臉書提出畢業證書，並對於質疑感到遺憾。.
國立嘉義大學聲明，嘉大在2000年9月，依教育部規定提出申請管理研究所EMBA碩士在職專班，授予管理碩士學位。於申請增設、調整系所班組計畫書中載明，考量學生皆為在實務界工作在職人員，除核心課程及整合課程計36學分，另需選修9學分始得畢業。
該專班得不修習論文，但須另修習「台灣企業問題研討」，並繳交專題報告替代；如此，一則符合因材施教之原則，二則可以與管理教育最先進之美國採取同步措施，三則亦可兼顧在職人員實際的狀況。
黃敏惠經國立嘉義大學公開招生考試，2002年 9月到國立嘉義大學管理研究所碩士在職專班就讀，在校2年半修畢所有必、選修課程學分，符合報部申請在職專班修業規定，並在2004年12月參加企業問題研討公開發表，於2005年1月通過學位口試取得管理學碩士學位。
黃敏惠本人也在臉書澄清，她獲得碩士學位一切合法，「針對特定人士抹黑質疑，敏惠深感遺憾」。
黃敏惠說，自2000年進入「國立嘉義大學管理研究所碩士學分班」就讀，於2002年考取國立嘉義大學管理學院碩士在職專班（EMBA），並於2005年1月完成學校畢業要求，正式取得「管理學碩士學位」，絕無「進擊」、「升值」之事。
2001年，嘉義大學是教育部當時唯一核准「碩士論文」與「技術報告」雙軌並行的碩士在職專班學校，黃敏惠強調，選擇以實務導向的技術報告，一切合乎當時制度與法規。「技術報告具有解決實務問題的價值，我不是特例，也未鑽法律漏洞」。
黃敏惠表示，畢業前也依學校規定，參加口試答辯及技術報告公開發表會後，正式取得碩士學位，當時制度並無規定需將技術報告上傳至「台灣博碩士論文知識加值系統」等資料庫，針對論文典藏議題，敏惠也非特例，所有程序皆依校方規定完成。黃最後強調事實勝於雄辯。（徐彩媚／嘉義報導）
