陳菊就任監察院長後，任用5名機要，包含高雄市政府前行政暨國際處處長陳瓊華，擔任院長辦公室主任，引起爭議。監察院今發布新聞稿表示，陳菊機要任用的人數與方式完全符合機要人員任用法規，陳菊在政府部門服務26年，都是尊重專業、愛護文官，可以去打聽她服務過的機關，優秀的文官不會寂寞，她相信很快可以和監察院同仁有這樣的合作默契，共同努力恢復監察權的尊嚴。
除了陳瓊華外，陳菊重要幕僚、曾任市長辦公室副主任謝博任、曾任高雄市政府市長室機要秘書林伊辰、曾任高雄市政府秘書的葉曉岑、曾任高市府環保局公務員洪語青也出任陳菊辦公室的機要人員。
知情人士透露，五院院長本身就有5名機要可用，只是過去監察院長不管事，主要是個別監委獨立行使職權，因此像是監察院前院長張博雅僅帶1位機要、前副院長孫大川僅有1名助理，完全沒有機要。但陳菊就任院長後，為了讓監察院更開明，部分機要要積極處理對外宣傳及新聞處理，而另外因為監察院新成立國家人權委員會，直接由院長兼任主委，因此也需要額外的幕僚協助處理國家人權會的相關籌備。
監察院今舉行院會。監察院指出，行政院在7月24日核定國家人權委員會員額，為因應國家人權委員會職權運作需要，該會人事職缺須儘速就位，以利推動國家人權委員會相關業務，公開徵求的各項職缺皆秉持公平公開原則，簡任文官任用條件皆須具備公務人員資格，陳菊說「不可能任用私人」，未來國家人權委員會亦會借重監察院優秀同仁，使其適才適所。
陳菊強調，國家人權委員會是國家的門面，蔡總統於國家人權委員會揭牌典禮時，也期許讓國家人權委員會成為國家的良心，所以國家人權委員會的運作需有足夠的預算支應，希望未來人事及預算備足到位，未來也會繼續積極爭取國家人權委員會之合理預算。
蔡英文日前與新任監察委員在提名人茶敘時提到，監察院與司法院有窒礙難行之處，建議新任院長及委員組成小組進行溝通聯繫，讓兩院有通暢無礙的對話機制。因此監察院成立「院際協商小組」，卻引起外界質疑越權。
監察院指出，監察院與司法院聯繫平台由來已久，該小組係延續歷來院際聯繫的經驗傳承，目的主要是使監察及司法兩院職權建立良善溝通協調管道，就兩院行政事務透過先行研議形成共識，藉此避免兩院歧異，達到良性互動及促進行政效能，院會決議將該小組更名為「院際聯繫小組」，以避免產生不必要之誤解。（陳建瑜／台北報導）
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