前總統馬英九被控2013年在任內處理司法關說案時，向閣揆與幕僚洩漏偵辦中的個案機密，涉犯《通訊保障及監察法》等罪，馬堅稱他在本案行使《憲法》賦予總統的「院際調解權」，預先因應可能的政治風暴，一審採信，判他無罪，二審認為本案無院際爭議、總統也須守法，改判馬4月徒刑，經最高法院發回更審，高院更一審今維持一審見解，判馬無罪確定。
此案引發馬英九與當時行政院長王金平的馬王政爭，但事實上，馬英九與王金平之間的恩怨，最早可追溯到2005年國民黨主席選舉。時任台北市長的馬英九，是國民黨的明日之星，聲勢如日中天，原任主席連戰將交棒，馬英九參選黨主席，對決王金平。當時馬、王對決整體態勢展現出拉鋸、緊繃，馬英九團隊主打「反黑金」，幕僚更一再質疑王陣營「搞人頭黨員」、「賄選」，讓王金平十分不滿，也埋下兩人關係裂痕，最終投票結果馬英九獲得壓倒性的勝利，但破裂的關係已經是難以修補。
馬英九在台北市長期間，雖然也出現特別費案、富邦併北銀案等爭議，但是人氣絲毫未減，2008年馬英九代表國民黨參選中華民國第十二任總統，以765萬票大勝民進黨長昌配544萬票，立委席次也拿下絕對多數；2012年馬英九雖然已經出現執政包袱，但還是以689萬票勝過民進黨的蔡英文，順利連任。
只是在馬英九的第二任任期，為了追求歷史定位，推出多項政策，但部分政策卻卡在立院之中難以通過，尤其是服貿協議，在野的民進黨始終不退讓，王金平被認為與民進黨立院黨團總召柯建銘太過友好，剛好特偵組竊聽到柯建銘向王金平請託司法案件，2013年9月，馬英九趁王金平在馬來西亞嫁女兒時，猛然出手，舉辦記者會痛批「台灣民主法治發展最恥辱的一天、如果這不是關說，什麼才是關說」、「國民黨若不能做出撤銷黨籍以上的處分，解除王的不分區立委資格，等於默許司法尊嚴被踐踏」。
王金平回國後，第一時間在機場召開記者會，發言全程尊馬英九，僅批特偵組未審先判、違反程序正義、濫權調查，但也發動鄉親與民代到場力挺，一時之間國民黨風雲變色、山雨欲來。
但馬英九堅持，關說就是不對，親自跑到黨中央坐鎮，在王的考紀會舉行前發言，要求撤銷王金平黨籍，考紀會果然也做出撤銷決議；但王金平的反擊也十分犀利，採用司法手段，向台北地院提出假處分，力保黨籍和立委身分，9月13日，北院裁准，在相關訴訟判決確定前，王可繼續行使黨員權利，王金平暫時保住立委、院長身分。
這場國民黨內的風暴，馬、王大鬥法的結果，最終是以王金平全勝收場，2013年9月有媒體民調中心公布調查，因為馬王政爭失利，馬英九民調再創歷史新低僅有9.2%，9.2成網路流行語，用來酸馬政府的支持者；更糟的是2014年3月發生太陽花學運，立法院遭到佔領長達一個月，百萬計的民眾上街頭抗議馬政府親中路線，讓同年的九合一大選，國民黨全線潰敗，6都丟了5都，僅靠朱立倫連任守住新北市長，整體執政縣市只剩六縣市，馬英九也辭去黨主席，由朱立倫接任，朱隨即做出對王金平黨籍案不再抗告的決議，讓馬英九發出聲明表達失望、不能認同。
更慘的是，國民黨的頹勢持續到2016年總統與立委大選，即便2015年馬英九與中國國家主席習進平兩人以國、共領導人身分進行歷史性會面，但仍無法挽救國民黨低迷的氣勢，進入大選後又發生「換柱事件」，讓國民黨繼地方大選失敗後，再次在中央層級選舉也大敗，總統大輸3百萬票、立委只剩35席，百年大黨淪為全面在野。
此時的馬英九，在藍軍心目中已經從當年的救世主，變成為毒瘤，民調持續低迷，選戰過程中藍軍候選人不願跟馬掛上合照，更被民進黨當作選戰策略操作，打出「支持XXX就是支持馬英九」，一時間馬英九成為票房毒藥。
但是2016年民進黨蔡英文執政後，接連的執政不利，讓藍軍反思馬英九是否真的做的這麼糟，也讓馬英九聲勢谷底反彈，不論如何，馬英九作為國民黨曾經的共主，現在也擁有不少馬迷，雖然黨內反馬勢力也是強勁，但馬英九仍將是國民黨內一股強大勢力。（戴祺修／台北報導）
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