總統蔡英文與身為新系中生代的行政院長賴清德，兩人在兩岸關係、《勞基法》修法、能源議題等重大政策等不同調，讓蔡和新系關係緊張化。而蔡英文在敗選辭去黨主席後，才剛慰留陳菊、賴清德成功之際，身屬新系要角的蔡其昌等人又主動拋出陳、賴將在立法院審查總預算完離開的消息，正象徵著蔡英文黨內共主地位面臨極大的考驗。未來新系是否將透過黨主席選舉來掌握黨機器，進一步左右蔡英文的連任之路，值得密切關注。
蔡英文半路從政，沒有自己的人馬，因此上任時選擇兼任黨主席，就是希望透過黨政合一，有利施政推動。無奈蔡政府民調持續探底，去年9月換下林全、改賴清德組閣，就是希望賴神來挽救今年的選情。不過相較於蔡、林一起擬定競選政策，蔡、賴在許多政策主張看法分歧，蔡在兩岸議題上主張維持現狀，但賴多次對外表示自己是「務實台獨工作者」；在「一例一休」勞基法二度修法時，也傳出蔡、賴對於是否鬆綁7休1、輪班間隔調整等規定，主張不同。
蔡英文、賴清德的關係更因此次民進黨選舉潰敗，更加緊繃。黨內一度傳出蔡英文日前強力同時慰留陳菊，就是藉陳牽制賴。而賴清德接受慰留後，表示尊重公投結果，會修改《電業法》不再設定非核家園2025年的期限，但蔡受訪則強調，這次公投是把法律的強制實現拿掉，並不表示2025年就必須、一定是要延期。
此外，蔡英文敗選辭去黨主席後，英系、正國會先卡位，有意共推立法院長蘇嘉全參選下屆黨魁一職，此舉也引發身為黨內首要派系新系的不滿。如今不等蔡英文定奪，新系要角蔡其昌、段宜康公開表示，陳菊、賴清德將在立法院審查總預算完離開的消息，也代表著新系已達成內部共識，不要讓賴清德和蔡英文的命運綁在一起。
新系這次直接把黨內茶壺風暴搬上檯面，此舉也頗有「以退為進」的意味，擺脫派系執政包袱後，明年極有可能進一步在黨主席選舉推出屬意人選，藉由掌握黨機器決定2020年總統初選的遊戲規則。屆時蔡英文是否能取得連任，將不是操之在己這麼簡單了！（陳雅芃）
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