「捍衛憲政體制、終結特務治國」這是民進黨團總召柯建銘在談到馬英九官司時，反復強調的一句話。2013年的九月政爭，將馬英九、王金平、柯建銘的命運緊緊牽連在一起，對於馬英九，柯建銘曾在接受媒體採訪時用一句話形容「他即將鋃鐺入獄」。
在九月政爭發生的9月6日當天，柯建銘就發表聲明，將當時馬政府的行為定調為「違反憲政體制」。柯建銘當時聲明指出，這是馬英九操控司法，對黨內外政治鬥爭與清算的「一石三鳥」之計，並將矛頭指向特偵組，表示特偵組從2011年違法監聽在野黨鞭至今，違法亂紀，嚴重破壞憲政分際，已足以發動彈劾、罷免馬總統。
他之後也指責馬英九，自從2008年馬執政後，逼走前檢察總長陳聰明，換上黃世銘，展開政治追殺、司法追殺、特務治國，辦綠不辦藍。用國務機要費起訴前總統陳水扁，上手銬，當場羈押、用特別費起訴前副總統呂秀蓮、行政院前院長游錫?等，前朝政務官無一倖免，包括邱義仁、吳乃仁、吳澧培等亦官司纏身。
雖然當年民進黨在立法院發動閣揆罷免案，因人數不敵國民黨並未通過，但柯建銘此後陸續對馬英九提出洩密、教唆洩密、誹謗等控訴，民進黨立法院黨團也以特偵組監聽國會、違法亂紀為由，積極在立法院推動修法廢除特偵組。
2016年政黨輪替後，民進黨掌握立院過半席次，終於在去年11月順利通過《法院組織法》第63條之1修正案，刪除特偵組法源，確立了特偵組在2017年1月1日正式走入歷史。「馬王政爭」、「王柯體制」這些名詞，也都隨著馬英九任期屆滿、立法院改選王金平不再連任院長而成為歷史，不過，柯建銘告馬英九的官司則持續還在進行。
柯建銘一直對打贏官司非常有信心，認為黃世銘被控洩密案已經判刑定讞，馬英九的教唆洩密案一定也難脫身。柯也總是反覆強調，這些官司是台灣揮別舊時代的分水嶺，是捍衛憲政體制、終結特務治國的歷史審判，同時也是台灣是否為法制國最具指標性的案子，希望大家「拭目以待」。
他去年出席在庭訊時，痛批馬英九毀憲亂政，介入司法個案，是「民主憲政之恥」，還呼籲法院羈押、境管馬英九，並一以貫之的宣稱，這是憲政時刻，歷史時刻，也是國家重建、憲政重建的時候，「這個判決是歷史最大分水嶺」。（曾盈瑜／台北報導）
