台鐵南科火車站位於縱貫鐵路與西拉雅大道交接處，處於現有台鐵善化、新市火車站中間，台南縣政府公有建築課課長林金源表示，台鐵南科火車站預計在年底完工，以提供南科員工通勤為主要目的，且以區間車等非對號列車為主。
南科人目前的購屋選擇，包括鄰近南科的善化、新市及安定等地，產品以總價500~700萬元的低總價別墅為主，另外，新市以南的永康及台南市區，則分別有總價700~1200萬元左右的中高價別墅及總價不到500萬元的低總價大樓產品等。
台南縣市不動產專案聯誼會會長王景祚表示，南科基層員工多因工作因素，就近選擇鄰近工作地點附近如善化、新市等地購屋，通勤習慣多以騎車為主，購屋總價500~700萬元；但南科的中高階主管，則多選擇在生活機能較好的永康市或台南市區，其中又以永康市的大橋重劃區，最受這些族群青睞。
台南市建築公會理事長施鴻圖也認為，未來從南科站往南至台南站大約僅20分鐘，南科中高階主管通勤多以開車為主，會因車站設立而改變通勤習慣的機會不高，施鴻圖說：「反倒是原本屈就工作地點，而在周邊鄉鎮購屋的年輕首購族，預計在南科火車站設立後，通勤時間縮短至20分鐘，會有更多人到台南市購買大樓產品。」
王景祚表示，南科周邊鄉鎮別墅雖然價位不高，但台南市區的首購型大樓總價多僅在300萬元左右，仍較周邊鄉鎮如善化、新市別墅便宜一半以上，且這些首購型大樓多位於台南市中心，生活機能也較充足，王景祚說：「南科車站通車，預計可為這類型的首購大樓，再增1~2成的南科族群。」
台南市東區的首購大樓案「摩根168」，主力總價約200~300萬元，該案業務副理林軒廷指出，該案原本即有部分南科首購族購買，「未來南科火車站通車後，首購族可以藉由火車通勤，省去開車的油資負擔，預計屆時至少可望為台南市區的首購大樓，增加2成的成交量。」
站址：西拉雅大道與縱貫鐵路交接處，位居台鐵善化、新市站間
站體面積：興建面積約470坪
結構：鋼筋混凝土及鋼構結構
目的：南科地區鐵路運輸的重要樞紐，提供南科員工通勤捷徑
特色：採建築整合型太陽光電系統設計，於站體屋頂及候車棚頂部導入太陽光電板系統，提供車站用電
軌道形式：地面
通車時間：預計2009年底可完工通車
資料來源：台南縣政府
南科火車站完成後，利用火車通勤的南科族，會有不少選擇台南市購屋，其中以首購型大樓居多，這些首購型大樓有些鄰近台南火車站，通勤非常便利。
不過位於前站生活圈的住家環境，因屬於台南市鬧區，人潮、車潮非常多，緊臨主要幹道的戶別，要留意住家安寧的問題。
我和太太都是高雄人，因為1年多前，我們一起到南科工作，所以才有機會到台南縣居住；一開始，彼此都不確定在這裡的工作是否能穩定下來，只選擇在善化鎮、新市鄉租屋居住，後來2人都工作1年多了，才開始思考購屋定居的問題。這裡的透天別墅，價格實在很便宜，離工作地點很近，上下班很方便，未來還有車站設立，聯外交通也便利許多。
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