法務部長邱太三上任後到立法院面對立委質詢，雖然在民進黨完全執政時代，民進黨立委的砲火不像國民黨執政時那麼猛烈，但同黨立委還是要求邱太三對檢察官要落實考核機制，尤其是北檢偵辦立院前秘書長林錫山案時，更是被立委質疑北檢洩密，要求邱太三嚴辦。
邱在上任即將滿月前夕，今天上午首度發出公開信給全體檢察官，表示「檢察官是有能力與膽識去發見真實，主持正義，一旦起訴，即應有足夠證據讓被告定罪」，並表示「檢察官所需的支持，不僅法務部將全力以赴，也會當檢察官的後盾。」最後強調「檢察辦案團隊不能有害群之馬。」（林益民／台北報導）
公開信全文如下：
「各位檢察官同仁大家好， 我是邱太三，上任滿一個月，雖然因為公務繁忙，還未能與各位當面對談，但仍希望透過這封信，先跟各位談幾句話。
過去，我也是各位的同儕，曾在台南及新竹地檢署擔任檢察官，上任部長這段日子以來，我除了觀察到檢察官工作繁重依舊外，確實也感受到檢察官群體普遍的徬徨與不安，新時代的司法改革在即，在回應人民的期待同時，檢察官的地位是否會受到影響？檢察的業務又會有何變化？
雖然全國司法會議尚未召開，但我要強調，不論制度怎麼改，人民理想中的檢察官，是有能力與膽識去發見真實，主持正義，一旦起訴，即應有足夠證據讓被告定罪。所以，從偵查、公訴到執行，檢察官所需的支持，不僅法務部將全力以赴，當各位的後盾；若需要相關的修法工作，我也一定會在立法院，努力幫各位爭取，在人力與物力上，給檢察官同仁最大的支持。
同時，我必須提醒各位，檢察官的地位與檢察官的表現是息息相關的。面對食安環保、公司掏空、官商勾結與毒品案件，老百姓望治心切，檢察官若能積極偵辦，並負起實質的舉證責任，人民自然會肯定檢察官存在的價值。
我更要提醒各位，辦案團隊中不容有害群之馬，少數操守有問題，缺乏敬業精神的檢察官，會讓全體檢察官長期的努力毀於一旦，所以各位一定要有道德勇氣貫徹自清自律，以維護檢察官良好形象。
台灣社會對我們的期待很高，這是挑戰、更是機會，我們要把握這個機會，再一次提昇檢察官的社會形象，成為正義的化身、法界的典範。如此一來，當我在幫各位爭取檢察官的司法官地位時，一定會得到更多支持、更加有力。
我與各位站在一起，也分享相同的司法願景，更歡迎各位以不同方式提供司改建言。讓我們共同為司法努力，敬祝大家工作順利，身體健康。」
邱太三
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