偵辦進度越多，謎團也一個接一個冒出，高雄監獄囚犯搶槍挾持事件，再爆典獄長陳世志走出車檢哨時，手中握著一把90手槍的內幕。至於槍是誰的？典獄長為何第一時間要否認？法務部調查報告為何又隻字未提？種種疑點，令案情更加撲朔迷離。以下請看《蘋果》的疑點整理報導
疑點1：典獄長持槍脫困
典獄長陳世志：昨稱絕無此事，今說法務部要求他不再對外透露偵辦中案情，因此不再回應此案，一切靜待司法調查。
高雄地檢署：陳世志脫困後自稱囚犯黃子晏自殺前，曾交付一把沒有子彈的90手槍給他。
法務部次長陳明堂：陳世志說，黃子晏拿槍給他，再持秦義明手槍自盡。
疑點2：典獄長拿槍，高層不知情？
矯正署：2月12日的新聞稿、事發時序，對典獄長的最後紀載為「陳典獄長自行平安脫困離開。」
法務部：2月13日發布的報告中隻字未提陳世志握槍脫困，事發時序的最後一項條目為「5時49分躲在車檢站廁所之蔡、李2名司機安全脫身。」
法務部次長陳明堂：陳世志在處置過程有不為人知的瑕疵，會列為懲處參考跟依據。
雄檢襄閱主任檢察官黃元冠：典獄長一開始就說，我們第一時間即掌握，並將手槍扣案。
疑點3：黃子晏交槍動機是？
雄檢主任檢察官陳俊秀：陳俊秀在案發後說，黃子晏曾動搖不想死，但在「兄弟共生死」的氛圍下，選擇和大家一起自殺。
雄檢襄閱主任檢察官黃元冠：黃子晏怎麼想，我無法答覆，也不清楚黃子晏是否不想死。
法務部次長陳明堂：黃子晏為何交槍給典獄長，待雄檢釐清詳細過程後，會再對外說明。
疑點4：6囚猛開百槍，卻有1槍無擊發
雄檢：黃子晏交付給陳世志的槍，裡面沒有子彈，也沒有擊發過。
法務部：調查報告指6囚搶得65K2步槍4把、子彈177發及90手槍6把、子彈46發，事後檢警清點槍彈，發現6囚只留下70餘發子彈，但有1把槍始終都未擊發。
疑點5：6囚搶10槍卻只拿5槍自盡
雄檢：黃子晏死時手上沒槍，但秦義明所持槍管內，驗出秦、黃2人DNA，根據典獄長說法，黃子晏持槍自殺後，秦義明再持同把手槍自殺。
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