莫拉克颱風夾帶的豪大雨量造成南台灣嚴重災情，除了葉菜短缺造成價格飆漲，畜禽、養殖漁業災情也很慘重，因產量減少，短期內價格小幅上漲。屏東養殖石斑魚、午仔魚災情慘重，養殖業者蔡龍勝表示，一般石斑魚養到2斤重左右約需1年，魚池得消毒後才能開始養殖，要恢復颱風前產量，至少需1年以上。養殖石斑過去7成以上皆外銷香港、上海，內銷以餐廳為主，基隆炒翻天餐廳老闆黃慶忠說：「風災後，養殖石斑進價已上漲2~4成，目前1斤左右的石斑魚，每尾就貴50元，若價格繼續上漲，會考慮停止進貨。」至於台南北門的養殖虱目魚也慘遭大水淹沒，預估重新養殖至上市也需花7個月以上。
另外，中華民國養豬協會業務課長江欣澤表示：「全台豬隻有626萬頭，此次風災損失超過12萬頭，但現在拍賣市場仍維持1天2200頭，頭數並沒有減少，只是重量比較輕些。」從仔豬飼養至可上市的成豬，至少需6、7個月，價格產量方趨回穩，所幸估計其他地區供貨正常，目前僅部分零售市場價格小幅上漲。
因死亡的雞隻多為土雞和蛋雞，土雞價格甚至飆漲4成，每台斤突破40元，而南部也一度傳出買不到雞蛋，農委會畜牧處副處長李春進表示，颱風前一天8/6全台每天雞蛋產量約8萬6000箱，共1720萬顆，目前每日減少60萬顆，每台斤批發價較颱風前25.5元上漲至27.5元，漲幅約7.8％，目前只需將雲林、彰化等地雞蛋南送即可解決問題，不過土雞和蛋雞重新養殖最晚4個月始可恢復颱風前數量。
李春進表示：「目前產地豬肉、雞蛋價格穩定，短期內售價波動主因不在於產量或颱風，而是零售市場的預期心理影響。」中元節、中秋節即將到來，建議民眾可改以肉雞取代土雞較省錢。
至於正值產季的香蕉、龍眼或即將收成的文旦，災區損害都達5成以上，而屏東林邊種植的蓮霧產量預估會減少6成，價格恐漲1倍，林邊鄉公所專處理農民事務的農業技士龔瑞隆說：「現在正是黑珍珠蓮霧催花的時候，催花指減少日照，以求提早開花，而狂風讓花掉落，果實數量因此減少，泡水也會改變樹的習性，讓盛產時間往後，部分農民恐休耕，所以初步預估黑珍珠產量將減少5、6成。」
而高雄縣甲仙鄉、桃源鄉、那瑪夏鄉和六龜鄉，是台灣重要的梅子產地，全台有9成製作蜜餞的青梅都來自此區域。甲仙鄉農會食品加工廠廠長劉秀琴表示，因山區土石崩塌讓梅樹受損嚴重，她說：「就算梅樹沒受損，但交通全部中斷，明年青梅產量肯定大幅減少。」
阿里山地區的茶葉也受颱風重創，嘉義竹崎鄉公所邱秘書表示：「豪雨造成土石大量流失，茶葉損失約4到5成，其中以高山烏龍茶最嚴重，茶價可能增1至2成。」嘉義縣梅山鄉農業課蔡和順課長也表示：「太和約有250公頃茶園，將近70公頃受損。」原定9月初推出的白露茶，也受創3成。而在阿里山達邦經營達明製茶廠的戴小姐則表示：「雖這裡茶園受損僅1成多，但因交通中斷，秋茶採收恐找不到工人上山採茶。」茶葉專家池宗憲表示，「除非整座茶山崩壞傷及根部，否則較需擔心土壤含水過高，可能影響秋茶與冬茶的品質。」
品項/受損及供貨狀況
●豬肉：產量仍穩定，但中元節需求大增，價格可能微漲，但屬正常狀態。
●雞肉：土雞價格漲4成，復原周期需4個月以上，可用價格平穩的白肉雞取代。
●雞蛋：台灣南部蛋雞受損，需北部、中部供應，價格小幅上漲，最遲4個月可恢復。
●養殖魚：石斑、午仔魚價格將大漲，海鮮餐廳減少進貨或大幅提高售價。虱目魚價格微幅上漲2~3%。可改食用遠洋或近海漁業魚種。
●蓮霧：原本盛產期是農曆年前後，預計將延後1、2個月，產量減少約6成，價格漲1倍。
●青梅：明年清明節前後產量大減，恐影響全台蜜餞、脆梅生產。
●阿里山茶：今年秋茶、冬茶品質下降，價格上漲。
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