北宜高鐵方式出爐，南港到宜蘭行車時間13分鐘，耗資995億元，影響翡翠水庫集水區小，被視為取代台鐵北宜直鐵方案，交通部也規劃將北宜高鐵案併入已完成可行性評估的北宜直鐵案內，加速程序直接進入綜合規畫階段，卻因跳過重做可行性評估引發質疑是選舉考量。不過根據曝光的公文揭露，將北宜高鐵納入北宜直鐵計畫並直接做綜合規劃的要求，是在馬政府時代，當時的行政院長吳敦義下的指令。
交通部傾向推動北宜高鐵，並將北宜高鐵納入現行北宜直鐵可行性評估方案內推動，因北宜直鐵已完成可行性評估，等同北宜高鐵可直接進入綜合規畫階段，卻引發質疑，認為不應跳過重做可行性評估程序，更引發質疑是為選舉考量跳過程序。
不過一份2011年行政院經建會發文給交通部的公文曝光，公文指交通部陳報「台鐵宜蘭線及北迴線改善方案先期規劃-台鐵南港至花蓮提速改善計畫可行性研究」報告，經建會邀集相關單位包括工程會、環保署、交通部、內政部、財政部、台北市、新北市和宜蘭縣府等研商，獲得共識，認為該案提速本身卻有貢獻和助益，且經交通部及高鐵局(鐵道局前身)確認，未來高速鐵路對於南港端無延伸計畫，惟行政院長指示，應請交通部具體回應納入計畫內。
公文也請交通部從公共運輸與整合運具規劃角度，審慎考量速度提升、公共運輸運量達成、運具分派、地方發展、環境影響、財務分析、觀光發展及益本分析等因素，整體分析計畫各項可能方案，並應通過環境影響評估，綜合考量可行後，再提綜合規劃報告，循行政程序報院核定。
由於該公文顯示2011年行政院已核定北宜直鐵可行性，但有但書要求將北宜高鐵等延伸納入北宜直鐵計畫內，並指是院長指示，而當時的行政院長為吳敦義、經建會主委為劉憶如，行政院秘書長是林中森；公文也要求做綜合規劃時，應設法提高速度及運量，提出替代方案，並做綜合規劃，而高鐵為提速和運能最佳替代方案，等同北宜高鐵可直接做綜合規劃。(李姿慧／台北報導)
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