黑面琵鷺為遷徙性候鳥，在國際自然保護聯盟（IUCN）瀕危物種紅皮書中，名列瀕危物種，1980年代曾經是數量不到300隻的瀕臨絕種鳥類。最新「2019黑面琵鷺全球同步普查」結果出爐，全球總數達4463隻，是從1990年開始有持續紀錄以來首次突破4千大關，台灣有2407隻、占全球總數53.9%。不過，全球數量年年成長，台灣數量卻從2017年最高2601隻，2018年跌至2195隻，今年略為回升。社團法人中華民國野鳥學會環境研究部主任呂翊維研判，數量下跌時應是台灣部分棲地環境不好、食物不足所致。
呂翊維說，黑面琵鷺是水鳥，多泡在水裡面，早期在台灣，黑面琵鷺較多活動於人工的海浦新生地，但現在沿海一代多有開發，再加上自然環境少，且現在的鹽田基本上都沒在運作，所以這幾年黑面琵鷺會偏向半人工的鹽田、濕地或魚塭等處度冬。
呂翊維表示，台南、嘉義、高雄是黑面琵鷺在台灣最主要的度冬區，又以台南數量最多有1572隻，占全台65.3%，主要集中在七股、四草地區，嘉義占20.3%，有488隻分布於布袋和鰲鼓濕地，高雄也有245隻，占10.2%，多於茄萣、永安濕地及高屏溪口。
呂翊維說明，從1990年開始有持續紀錄以來，黑面琵鷺數量持續增加，但到2011年台灣數據驟降，從前一年的1280隻降至834隻，引起關注，據說主因是台灣調查的當天氣候不佳，導致個體躲起來沒現身；由於台灣黑面琵鷺數量占比高，也影響到全球數據，從2010年的2314隻跌至2011年1839隻。
另外，2017年台灣數量創新高2601隻，但隔年降至2195隻，呂翊維推測，當時部分棲地環境不好，食物不足，因為2018年有幾起黑面琵鷺有營養不良的狀況，被拾獲送至獸醫救治；過去若有大量瘦弱、死亡情形，都是因為水質汙染，導致肉毒桿菌孳生，使黑面琵鷺腳無力，不過全球族群，2017、2018年皆為3941隻，今年達到4463，目前仍在成長中，台灣的棲地是否遇到瓶頸，需要未來持續的關注。
近年來，東亞地區眾多種類的水鳥皆呈現族群下降的趨勢，其中遷徙路徑上的棲地消失與劣化是主要的原因。黑面琵鷺在台灣的棲地現今面臨不小的開發壓力，例如茄萣濕地的1-4號道路開發、永安濕地的興達電廠擴建、嘉義布袋與台南七股太陽能光電鋪設的選址問題等，皆會造成黑面琵鷺棲地縮減、分割的窘境。中華鳥會呼籲，黑面琵鷺數量增長固然為喜事，然若因此懈怠而忽視棲地保育，長年經營的保育成果可能因此功敗垂成。(陳怡文/台北報導)
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