依食藥署全國藥物不良反應通報系統資料庫，2006年HPV疫苗上市至今年7月5日，不良反應通報共167件，另依國健署通報系統，於2010至2016年，共有1900多人於接種疫苗後身體不適，出現注射部位紅腫、頭暈等反應，均非嚴重不良反應。疾管署共接獲14件於接種HPV疫苗出現不良反應的申請救濟案件，Bella出現的幼年型關節炎，經判定與疫苗無關，但因個案為釐清與疫苗關係曾就醫檢查，因此給予醫療補助3萬元。
疾管署副署長羅一鈞表示，依衛福部預防接種受害救濟審議小組統計，2009年至今，共接獲14件於接種HPV疫苗出現不良反應的申請救濟案件，案例年齡為13至39歲，其中1件判定與疫苗相關，經審議為疑似疫苗造成全身性過敏，給予1萬元救濟金，另有4件為無法排除與疫苗相關。
羅一鈞說，此4件無法排除與疫苗相關案例，不良反應為急性神經炎、過敏等，其中3例給予5千、2.5萬及15萬元的救濟金及醫療補助，1件則不給予，不給予的原因是病患接種疫苗後，雖然出現全身紅疹反應，經立即到急診就醫，醫師給予藥物及冰敷後，當天即返家休養，判定過敏症狀輕微，且日後也未出現嚴重症狀，而不給予救濟金。
羅一鈞指出，剩餘9件救濟案件，其中8件與疫苗無關、1件證據不足，而前年痛痛女孩（Bella）出現的幼年型關節炎，經判定與疫苗無關，但因個案為釐清與疫苗關係曾就醫檢查，因而給予醫療補助3萬元，此案例也是8件與疫苗無關案件中，唯一給予補助的案件。
國健署癌症防治組組長吳建遠說，以2006年上市的HPV疫苗為例，現已有2.6億劑送至全球各地，據全球疫苗安全諮詢委員會對接種的過敏反應及昏厥作用調查發現，過敏反應發生風險約為每百萬劑疫苗有1.7名個案，而昏厥則是對針劑注射的焦慮及壓力所產生的反應。
吳建遠說，經調查發現，HPV疫苗接種後的皮膚紅腫、局部疼痛等都屬輕微反應，此為接種其他疫苗都會出現的情形，而接種後的發燒症狀，也為正常免疫反應過程。
至於2010年日本提供接種HPV疫苗補助，引發部分接種者出現不良反應，甚至有消息指出，美國去年有名少女接種HPV疫苗，同樣出現幼兒性多發性關節炎，且被認定與疫苗有因果關係，並獲得救濟的法院判例。吳建遠說，日本事件經歐洲藥品管理局（EMA）調查，接種者身體不適無法證明與疫苗相關。(沈能元／台北報導)
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