由陽明、中央、清華、交通等4大學組成的「台灣聯合大學系統」總校長曾志朗2012年起2度接任此職務，《自由》今報導，曾志朗要求陽明配給宿舍，還搶交大特聘教授缺，挨批是「學閥」。報導並批總校長職務自成立起由中大前校長劉兆漢、陽明前校長吳妍華、曾志朗等人輪流擔任，是裙帶關係壟斷。曾今電話未接，無法取得回應。
陽明主秘王瑞瑤今回應，曾去年向陽明申請住所，學校確有提供招待所，但曾需付住宿費用，不是免費；至於曾、吳、劉等人當總校長，是因總校長需聲望與學術成就及國際視野，三人都具備條件，是有能力擔任的人。清大主秘李敏也說，沒聽說過清大有人對總校長有意見，畢竟該職務是無給職。
台聯大系統今天下午發布聲明稿，強調台聯大成立著眼於提昇高教資源整合等良善本意，不容抹黑與汙名化。聲明稿中提到，台聯大系統校長是無給職，因行政總部設在陽明，由行政總部向陽明大學申請訪問學人招待所，作為系統校長平日休息或處理公務使用，每月租金、水電費和電話費，皆依陽明大學規定，曾志朗自行繳納住宿費。
此外，聲明中提及，曾志朗並未聘用司機，從 101年起即為交大榮譽職「講座教授」，從未支領交大薪資，更未佔缺，且台聯大兩個標竿講座「台灣聯大溫世仁卓越學術講座」、「台灣聯大信義榮譽講座」，都是由曾志朗募款設立。（許敏溶／台北報導）
曾志朗挨批學閥，台聯大下午發出聲明稿澄清。
聲明稿如下：
【台灣聯合大學系統聲明稿】
大學系統之發展為當前國外高等教育的趨勢，例如法國和英國為推動大學合併或大學系統發展，都有相關政策和配套措施。台聯大於2003年著眼於提昇高教資源整合、跨領域人才培育和追求學術卓越之良善本意，不容抹黑與汙名化。
1.台聯大系統校長係無給職，因行政總部設在陽明，故由行政總部向陽明大學申請一訪問學人招待所，以供系統校長平日休息或處理公務太晚之用。訪問學人招待所之每月租金、水電費和電話費，皆依陽明大學規定，由曾志朗系統校長自行繳納。
2.台聯大系統校長之公務車自2004年試辦階段經教育部同意，依照「中央各機關學校購置及租賃公務車輛作業要點」和政府採購法相關規定，公開招標租用一千八百CC車輛。曾志朗系統校長接任後，顧及台聯大經費拮据，並未聘用司機，自行開車。
3.四校於2003年試辦台聯大系統，並無成立經費，而是每年各撥100萬元供系統辦公室運用。此400萬經費多數用在四校學生交流活動、推動「台聯大亞際文化研究中心」和「科技與社會（STS）研究計畫」，以及部分用於行政總部運作（含業務、人事、租車等），非如報章所言用於辦公室運作和幫總校長配置公務車。
4.曾志朗系統校長自101年起即為交通大學榮譽職的「講座教授」，從未支領交大薪資，更未佔缺。
5.2011年交通大學校長遴選委員會召集人為前交大副校長、光電工程學系榮譽退休教授祁甡，曾志朗系統校長並非召集人。
6.台聯大為台灣第一個大學系統，樂見各校茁壯並積極促成跨校整合，以下成果皆非單一學校所能達成，包括（1）突破學制限制：跨校轉系所及跨校逕修讀博士學位，為全國首創（2）辦理聯合招生：以分領域分組方式共同辦理碩士班招生及轉學考，考生只需一次報名、一次筆試、一次分發（3）共享圖書資源：建置圖書館藏聯合目錄、避免重複採購、24小時跨校代借代還，每年達3萬多冊，將近全國大專院校一年圖書的互借量（4）跨校選課：每年約4-6千人次（5）學術全球輸出：共建海外聯合教學平台，馬來西亞為第一站，香港、澳門進行中，並有四校屆齡退休教授透過平台，赴海外搭建教研基地，做為聯大系統的海外代言人（6）推動四校人文社會研究發展：亞際文化國際學位學程、STS研究計畫和客家揚帆計畫。
7.台聯大兩個標竿講座「台灣聯大溫世仁卓越學術講座」、「台灣聯大信義榮譽講座」，係由曾志朗院士募款而設立的。
（1）溫世仁卓越學術講座從2007年起，已經邀請17位諾貝爾得主來台訪問四校進行跨校講學，與師生討論為學之道與科學之美，以形塑典範學習，如今諾貝爾得主訪問台灣成為常態，本講座的貢獻可見一斑。
（2）為培育高等教育研究者具誠信正直的學術倫理素養，使台灣成為國際學術界值得信任的研究夥伴，台聯大從2008年開始，即已透過專題演講、研習會與工作坊，培育種子教師且編譯「研究倫理教學手冊」，積極在校園間推廣研究倫理的重要性。為求學術倫理素養向下扎根，更建置學術倫理數位教材，並提供即時檢測機制，至今中央、交通、清華和陽明四校皆已列為全校研究生必修0學分課程，更有臺北市立大學、金門大學、臺南大學與臺東大學規劃於104學年起列為全校研究生必修課程。由於成效卓著，教育部委託台聯大將此課程推展至各大專院校。
台聯大成立非如部分人士所言為搶高教資源，而是四校皆有規模過小、學門不完整之缺憾，加上科學合作和人才流動全球化，且全球高教皆面臨經營困境，必須整合人才資源與經費資源，由於台聯大跨校資源的整合成效逐漸呈現，促使其他大學系統或聯盟成立，包括南部的「台綜大系統」、「教育大學系統」，由台大、台師大、台科大成立的「國立台灣大學聯盟」，以及東部五校的「泛太平洋大學聯盟」，各系統或聯盟皆跟進台聯大，從聯合招生、跨校選課、圖書共享等有利師生的方向整合資源。台聯大提昇高教資源整合、跨領域人才培育和追求學術卓越之良善本意，不容抹黑與汙名化。
