東京在距離舉行奧運會前幾個月，爆發武漢肺炎疫情，但政府處理疫情反應緩慢，被批評重視國際形象多過應付疫情本身。首相安倍晉三政府，本想藉今年奧運刺激經濟，展示日本已經由2011年311大地震引發的核災中恢復，但當局的處理手法，令人回憶起當年政府一直隱瞞災難的嚴重性，應變能力一樣差。
日本2月接收疫輪「鑽石公主號」，讓郵輪在橫濱接受兩周隔離，但隔離期間爆發集體感染，造成船上共712人確診，共11人死亡，顯示政府的隔離措施失效，同時國內陸續出現確診病例。日本政府的處理方法受多方責難，當地人更將這次事件，與9年前的福島第一核電廠發生核洩漏的災難，相提並論，認為政府在兩次事件中，均企圖淡化危機。
福島醫科大學客座教授丹羽真一說：「病毒擴散的範圍比政府所說的更加廣泛，在（福島）核災期間，政府也說（核電廠）沒有熔毀，他們當時隱瞞事實，我恐怕同樣的情況在這次疫情中也有發生。」
除了日本外，來自美國的專家也曾批評日本，內布拉斯加大學公共衞生學院教授科提彼特（Mark Kortepeter）說：「我想相信公共衞生決定是受科學，而不是政治影響，但我不是天真的人，已經在這個領域工作了幾十年。如果這（政治）真的是推動力，事情總會出現反彈。」
安倍晉三本想藉奧運刺激旅遊，外界相信日本花了250億美元（約台幣7562億元）辦奧運，是當初預算的近4倍，全國上下也趁奧運熱潮加大投資。
根據酒店研究公司CBRE Hotels估計，2019年至2021年，在9大主要城市相繼有酒店落成，預計供應8萬間房間；日本航空（JAL）也投資了2億美元（約台幣60億元），本來5月為旗下航空公司ZIPAIR Tokyo首航；東京兩大機場亦正擴建，準備提升客運量。
不過，疫情令全球交通停擺，去年訪日的中國旅客高達960萬人次，目前中國客在日本幾近絕迹。英國經濟研究機構Capital Economics估計，日本首季旅客入境人次，會因疫情減少40%，經濟增長減少0.4個百分點，聯合國國際民航組織也預計，日本的旅遊業收益按年會減少12.9億美元（約台幣390億元）。
安倍在申奧期間再三保證，會處理好福島核電廠的洩漏問題，但「綠色和平日本」去年12月發表報告，指東京奧運原本的火炬傳遞起點、福島縣的足球訓練中心「J-Village」錄得多個輻射熱點，輻射量比起2011年福島核事故之前，高出1,775倍，雖未會對人體造成即時的危險，但任何人逗留兩天即超標。（國際中心／綜合外電報導）
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