「我們惟有祈禱，為教會、為中國祈禱。」香港《蘋果日報》記者先前北上到中國，嘗試接觸地下教會神父，惟在機場遭公安扣查，並即時遣返回香港。中梵達成主教任命協議前夕，中國地下教會的神父表達憂喜交集的看法，擔心新協議及中梵建交下，中國政府在任命主教上附加條件，令教會喪失部份宗教職能。他表示，中國教會人士也替被迫讓位的地下主教叫屈。 「我們惟有祈禱，為教會、為中國祈禱。」香港學者則擔憂，中國會硬把地下教會染紅。
中國神父方濟各（聖名）日前向香港《蘋果》記者表示，中國政府對教會態度保守，也壓抑教會的發展，對宗教活動施加很多限制，擔心將來中梵協議落實、甚至未來中梵建交，中國政府在任命主教上附加若干條件，令教會部份宗教職能喪失。他指出，他的教友知道中梵快將簽署主教任命協議，一方面很高興，一方面也不樂觀，他們和他類似的憂慮：「我們惟有祈禱，為教會、為中國祈禱。」
中梵主教任命協議爭議不斷，據稱獲教宗寬恕的中國非法主教，被指有親密女友，並育有子女，涉嫌違反教會神職人員守獨身聖願的要求。方濟各神父表示，若主教人選有個人問題如已婚，觸犯教會原則問題，他對此反應強烈，完全不能接受。
中梵主教任命協議中，部份（受梵蒂岡教會認可的）「地下主教」被逼下台，讓位給獲教宗赦免的（中國官派）非法主教，讓人感到委屈，方濟各也承認，他身邊也有人覺得安排令人叫屈，但他認為，只要教會發展好，受點委屈也沒有關係。
至於中國管理宗教活動的未來，學者認為，中共不會走回「消滅宗教」的文革老路，但仍企圖全面控制宗教。有報告批評，中國國家主席習近平加強打壓宗教活動，中國不同宗教1億信眾所屬的宗教群體面臨高度受迫害的危險。
習近平甫上台就召開全國宣傳思想工作會議，強調意識型態部門「守土有責」，打擊媒體輿論監督。他後來在2016年的全國宗教工作會議上，要求各級黨委提高處理宗教問題能力，外界解讀為「收回權力，直接管理宗教」。值得注意的是，習近平透過法律手段整治宗教活動。2018年宗教事務條例2月1日正式實施，打擊地下教會宗教活動，亦要求教會、教友實踐社會主義核心價值觀。
香港中文大學崇基學院神學院院長邢福增向香港《蘋果》表示，2018年宗教事務條例較為嚴苛，但中共會否馬上、全面、嚴厲地執行，尚待觀察，他認為，一旦中共嚴厲執法，將會造成巨大震盪，付出的代價也會很高，相信中共將會繼續分而管之，進行分化、教育，一個接一個地把「灰」變「紅」，再嚴厲打擊「頑劣分子」，恐嚇、利誘、教育多管齊下，將天主教地下教會染紅。
邢福增估計，中共不會走回文革老路，因為清楚知道不能消滅宗教，因此轉為控制宗教。他指出，目前的情況是習近平想全面控制，在制度上、人事上、意識型態上也希望加強對宗教的管理。
國際非政府組織「自由之家」去年發表題為《中國靈魂爭奪戰》的報告指，習近平加強打壓宗教，打壓措施滲透到日常生活中新的領域，信徒反抗抵觸越來越強烈。報告指出，2012年以來中共對宗教的控制和迫害呈上升趨勢，至少有1億信眾（即大約1/3的中國信眾）所屬的宗教群體面臨高度或非常高度的受迫害危險。 （香港《蘋果日報》採訪報導）
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