這年1月最重要的大事是，獨裁者蔣經國總統多年糖尿病失控造成多重器官崩壞，在1月13日吐血而亡。在這件大事發生前幾天，1月9日中山科學院負責發展反應爐控制動態模擬系統的陸軍上校軍官、核研所副所長張憲義叛逃美國，並導致美國政府會同國際原子能總署，在1月16日與17日兩天，到台灣龍潭拆除發展了將近10年的核武設施。李登輝在1月13日當天就以副總統身份依《憲法》宣誓為第七任總統，所以新聞界一直留下一個疑問，李登輝總統剛接任，他的「第一件差事」，就是這個最棘手的難題，到底處理過程是什麼？
在他卸任之後多年，有一回在翠山莊與朋友論及台灣未來防衛的各種選項時，他主動提到這件事，對於美國政府跨海大動作來拆台灣自製核武，他言簡意賅的說了一句：「是我讓他們進來拆的。」他反對台灣發展核武，在蔣經國在世期間，他從來沒有表示過，卻在蔣經國一死，不到一周內，就與美國合作，將這個核武設施全灌水泥封死。
事件過程，有一說是，美國當時的總統雷根，在蔣經國一死，馬上派當時的美國在台協會理事主席丁大衛來與李登輝總統會談，並得到李登輝總統保證終止並不再發展核武的承諾。不過有一說，李登輝是還在副總統位子上，就接到美國的訊息。這一點，李登輝總統後來沒有說明，但從他的態度看，他應是以總統身份與美國總統特使會談。當時，美國中央情報局從張憲義帶走的核武研發資料，大約知道，這個反應爐只差兩年就可以完成核武，只不過當年中科院已停止發展投射系統，而台灣軍方並沒有任何飛彈或者載具可以投射這個極沉重的核彈。
所以這可算是一顆「固定」在石門水庫附近的核彈，爆炸的能量已可到達苗栗，而且負責模擬試爆的電腦，從來沒有假想過在北京或中國任何城市爆炸。蔣經國發展這樣的核武器，目的令人費解，因為這個核彈如果真的原地引爆，台灣成了核子廢墟，而石門水庫位在核爆中心「氣化區」附近，必然垮壩，台北市將被大洪水全淹沒。
李登輝總統當時面對美國來使所帶來張憲義叛逃拿走的資料，應該是他第一次知道蔣經國祕密在做核武器。而這時他剛上任總統幾天，特使帶來的資料讓他不能不馬上做決策，也就是配合美國與原子能總署拆掉這個反應爐。這次行動倉促，美國人的作業十分緊迫，幾十輛黑色車子，加上多輛水泥車，大批黑衣黑眼鏡的工作人員，直接進入中科院，封死Hot cell（熱室），抽走重水，將600多支的核燃料棒運走，但是在乾貯窖取出時，有39支燃料棒發生氣爆而破損有污染，如今仍然被留置在龍潭核研所內。
李登輝總統做為國家領導人的能力，在這次事件充分的展露，事實上，他面對的是，受命蔣經國指令發展核武的一批高級軍官，而他們之間又有矛盾，特別是張憲義叛逃之後，他們之中到底誰該負責？1988年3月8日在立法院，民進黨立法委員吳淑珍與余政憲爆炸性的質詢爆出了台灣發展核武，被美國人封殺了，要求官員辭職，這件事才在新聞中炸開來，可是真相大家都弄不清楚。政府承認確有其事之外，並指出張憲義叛逃。
卸任多年後，李總統才證實，是他簽了字向美國人保證，未來台灣不會再發展核武，也同意美國人拆走這個祕密核彈。可是他當時對社會一語不發，他知道這是一件，他必須做決策，卻不可以多說的事。
曾經參與這個龍潭核武計畫的賀立維博士，在他2015年6月出版的書《核彈MIT：一個尚未結束的故事》，曾經推測：「這件事對李登輝來說應該是一個大解脫，否則他還真不知道究竟要不要支持一個前朝留下來，弄不清楚，無底洞，甚至指揮不動的核武計畫？還是就由他來下令停掉？如果他真的要停掉這個計畫，很可能會引發軍方擁核武派的大反彈。」這的確是台灣的重大危機，蔣經國所留下來的「天火」，本來會為台灣帶來大災難的，卻奇蹟式的在他死後一周，隨著他的亡故而熄滅了。
李登輝總統在新手上路的期間，就遇到這個世紀難題，但他從完全不知情，在極短時間內，就深入掌握事件解決的路徑，與美國配合化解台灣核武危機，又藉力使力的壓制了台灣軍方的強人勢力。他孤單一人，卻雙肩擔起，他當時其實心中是害怕的，每天都與夫人跪在床前翻開《聖經》祈禱，結果有驚無險的過了關。這是美國後來信任他，相信他是有能力的「民主先生」，是真正的台灣人之子（native son）的重要原因。
事實上，他從當上總統的第一天，就決志讓台灣走向民主，也就是「民之所欲，長在我心」，早已埋在心中，而發展核武與民主改革救台灣是背道而馳的。他一上任就面臨這樣的的十字路口。危機中，他做了不凡的決定，奠基了台灣民主化的重要里程碑。
台灣關懷中國人權聯盟理事長
