其中，1948年制定的《動員勘亂時期臨時條款》，賦予總統緊急處分與戒嚴不受《憲法》約束的權力。1960年代，為讓蔣中正連任總統，再次修改《臨時條款》，甚至中央民代長期未改選之「萬年國會」現象，法制基礎也來自《臨時條款》。
1980年代民主化潮流興起，將《臨時條款》視為憲政體制大毒瘤，要求廢止聲浪大。1990年3月，野百合學運爆發，提出「廢除臨時條款」等訴求，李登輝總統接見學生代表並正面回應。1991年4月30日透過國民大會廢止《動員戡亂臨時條款》、5月1日零時正式終止動員戡亂時期；同年12月，終結「萬年國會」。
據台大校史館資料，1991年學術界、醫界、社運界鑒於長期以往對國體有不同主張的人民，政府可以《刑法》第100條任意拘捕判刑，違背《憲法》基本人權和自由保障，由台大教授等宣布成立「100行動聯盟」。終於政府在1992年5月修正公布《刑法》第100條，台灣人民言論和思想自由獲得保障。
我國《憲法》從1991年首次增修以來，至今為第7次增修版本（2005年修訂），其中在李登輝任內進行《憲法》增修6次，並推動總統直選等台灣民主、憲政改革。
1995年6月，李登輝前往母校康乃爾大學演說，成為首位進入美國的中華民國現任總統，引發中國不滿。隔年3月，台灣首任民選總統大選前夕，共軍在台海舉行大規模軍演，並發射多枚飛彈至基隆與高雄外海，企圖影響選舉。當時美國派遣2個航母戰鬥群到台灣附近海域，因應可能軍事衝突。最後李登輝與連戰以54%得票率當選。
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