蔣經國突然死亡，造成台灣政壇權力真空，李登輝雖接任總統，但國民黨內以蔣宋美齡為首的保守勢力，卻要求中常會暫緩代理主席推舉，蔣宋美齡當時從美國寫了一封信給黨祕書長李煥，李煥本來也認為就先緩一緩。但1988年1月27日中常會召開時，擔任中常委的余紀忠擔心夜長夢多，準備在會中臨時提案，沒想到副祕書長宋楚瑜會中要求發言，落淚抗議未排入代理黨主席案後拂袖而去。余接著提議處理代理黨主席案，其他中常委也紛表支持，最後通過李登輝代理黨主席。
李登輝過了代理黨主席這關，風暴還未結束。1989年李登輝正尋覓副手人選，外界都認為，他可能會挑選李煥搭擋參選，結果名單揭曉，雖然也姓李，卻是無任何政治班底的總統府祕書長李元簇。
李登輝原先打算在1990年2月11日國民黨臨中全會上提出李元簇，然而李煥卻已私下與時任國防部長的郝柏村運作，打算撤換副總統人選。李煥先在臨全會上發難，要求祕密投票取代傳統的起立鼓掌方式通過人選，林洋港也呼應，李登輝亦非省油的燈，已連夜祕密動員，情治單位甚至介入監聽，最後李登輝慘勝。
但李煥、郝柏村等非主流落敗後並不死心，軍系國大緊咬不放，連署推出林洋港、蔣緯國的林蔣配與雙李配抗衡，黨內分裂正式檯面化。
非主流奪權已箭在弦上，不過林洋港欲拒還迎，李登輝請出蔣彥士領銜八大老勸退，林在各方壓力下宣告退選，二月政爭告終。
李登輝為分化非主流勢力，連任總統後撤換李煥，郝柏村任行政院長，然閣揆是文職，郝只能卸下軍職，雖當時輿論反對軍人干政，從事後發展來看，李等於解除郝的兵權。
郝柏村擔任行政院長期間，李登輝試圖架空郝的行政權，而郝則是不斷干預總統國防外交權，雙方持續上演權力鬥爭，郝柏村最後也被逼退，後來他又與林洋港合流，在1996年總統大選中組林郝配，挑戰李登輝與連戰，最終還是落敗收場。
