中科院掌握我國許多機密及高端研究，主要業務為國防科技及主要武器裝備的研究發展、生產製造，並負有培育國防科技人才任務，擁有國內最尖端的研發團隊，因此為防中共竊取相關資料，嚴禁使用中國產品。未料，這麼重要的研發單位卻百密一疏，差點讓百度雲成為國防機密上的大破口。
中科院的物料運籌處是在2018年10月以「XD07150PA45-CS」作為採購案號，對外公開採購「網路儲存伺服器」等2項，預算326萬9700元。
根據《蘋果》調查，中科院的投標採購明細表中，要求必須「完整備份功能」，因此投標廠商必須提供桌面備份應用程式，使用增量備份Windows或Max OS的電腦資料，要有支援多個營運地點的多點複寫功能，以提升企業內部災難復原計劃。
中科院也要求投標廠商，必須可備份至公用資料夾、外接硬碟、公有雲服務等多種目的地。中科院也特別要求，因為需要支援公有雲的雙向同步，以達到混合雲備份機制，目的端至少包含Amazon Cloud Drive、百度雲、Box、Dropbox、Google雲端硬碟等儲存空間。
爆料者告訴《蘋果》，得標廠商應投標單要求，將百度雲放入公有雲端，中科院也驗收通過。爆料者質疑，中國政府可以要求百度雲提供資料，中科院內公用雲端，竟然有百度雲，等於是將中科院所研發武器系統的機密資料，完全免費提供給中國，痛批「這種行為與賣國無異」。
更駭人聽聞的是，中科院高層直到《蘋果》記者詢問，才驚覺有此事，但百度雲已用了一年多。中科院表示，明定禁用中國製產品，但承辦人員未依規定，誤將百度雲納入採購規範。
中科院調查後告訴《蘋果》，該標案採購的3部電腦主機，其中2部作為青山園區的警監系統之用，另1部作為資料備份使用，但因為警監系統工程延宕，作為警監系統之用的2部電腦主機目前尚未使用，資料備份的主機則已在化學所進行使用。
《蘋果》質疑機密可能外洩？中科院資管中心與資通所查對化學所的電腦後發現，還好「沒有申請聯網，也沒有上網連線的線路」。中科院表示，雖然該部電腦內建百度雲，但因沒有加裝「百度雲盤套件」，所以不會有將資料傳送到百度雲端的問題。
為確保機密資料未外流，中科院也要求資通所執行資安風險檢測，對化學所的電腦進行包括是否有異常使用紀錄、異常安全性紀錄等深度檢測。
儘管中科院撇清3部採購的電腦主機並未上線連網，但一位熟悉內情人士打臉說，3部電腦放在中科院內，就等於是有3個spy（間諜）在內部，只要有心人士遠端啟動裝置，中科院所有內部資料都有可能傳送給中共。
為徹查疏失，中科院緊急成立專案小組。中科院昨表示，化學研究所於2018年辦理資訊設備採購案，因作業疏失未過濾，將含有百度雲規格誤植於採購公告，造成國人誤解及疑慮，已對失職人員處分申誡兩次。
中科院強調，本案採購資訊設備僅運用於內網，未連接民網，且該院資訊網路均採民網與企業內網實體隔離，不可互相串接，也設置資安防護檢測設備，未來將更審慎相關資安管制措施。
對於中科院毫無敵我概念，民進黨立委蔡適應直言，百度雲的存放位置就在中國，當時中科院同意納入，令人「非常不可思議」，中科院應嚴懲失職人員，以儆效尤。
國立台北大學犯罪學研究所助理教授沈伯洋也質疑，按照中科院的說法，設備僅運用於內網，未連接民網，且民網與企業內網實體隔離，既然沒有要連網，為何當初還要開出這個規格？
至於中科院指稱沒有加裝「百度雲盤套件」，就不會將資料傳送到百度雲端的問題，沈伯洋認為，這說法是有可能，但畢竟百度雲是中國企業，存在百度雲還是有風險。
熟悉大數據的資安專家、民眾黨立委高虹安也說，百度雲是中國企業，中科院若將資料存放在此，不免令人擔心。高提醒，台灣也有很多本土雲端服務提供者，國軍可考慮使用本土企業提供的雲端服務。
成立時間：1965年
設立目的：為國防部重要武器系統、電子資訊的研發、製造單位，目標為提升國防科技能力、建立自主國防工業、拓展國防及軍民通用技術
董事長：嚴德發（國防部長）
院長：張忠誠
重要研發軍品：
．雄風二E巡弋飛彈
．天弓防空飛彈
．雄風反艦飛彈
．經國號戰鬥機
．勇鷹高教機
資料來源：《蘋果》資料室
百度雲（Baidu Cloud）是百度推出的一項個人雲端儲存服務，覆蓋中國大陸各大主流電腦和手機作業系統，包含Web版、Windows版、Mac版、Android版和iPhone版，用戶破億人。用戶可以將自己的檔案上傳到網路硬碟上，並可跨終端檢視和分享。在百度建立開放雲後，合併為平台分散式私人儲存服務。
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