陳文成的家屬曾質疑，陳死亡時衣褲破損、少了襪子，且皮帶不是繫在褲頭上，而是繫在襯衫上、肚臍上方部位，懷疑是方便屍體拖拉才樣繫的。另外，陳右腳的鞋子裡被塞了100元，懷疑是「腳尾錢」，專家分析這是特務單位執行任務後，提醒接手承辦單位「這是自家人案件，接下來該怎麼掩蓋，你們看著辦」的意思。
當年協同解剖陳文成遺體的美國法醫病理學者魏契（Cyril H. Wecht），離台前在機場舉行記者會，針對官方認定的自殺，魏契搖頭說：「不，我不同意，他不是自殺而是他殺！」
魏契說，陳文成被發現時是仰躺，表示他背部著地，其傷勢多在胸、背，但人體墜落時，會直覺性的伸出雙手、屈膝來抵抗著地後撞擊，照理說四肢會受傷，但陳的四肢、頭部都沒有傷勢，不可能是意外墜落。
勘查過現場的魏契也認為，陳文成若是意外墜落或自殺，身體和建築物應呈現垂直，且與建物距離較遠，但實際陳屍位置卻呈平行，且離建物近，陳是被某種方式（可能被打昏或注射藥物），導致無法自主，再被抱起越過護欄丟下。
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