首批武漢台人包機共載回247人，但登機名單未保障弱勢，登機檢疫粗糙，甚至出現1確診，引發高度爭議。後續包機我方堅持高規格防疫、弱勢優先，中方遲未回應。
據了解，中方認為專機乘客登機前已由中方完成檢疫工作，不容質疑，因此強硬拒絕我方要求讓搭機者穿隔離衣、戴口罩要求，更將我防疫人員赴中為搭機乘客檢疫視為主權展現，違反一中原則。
行政院長蘇貞昌曾在立法院回答立委質詢時說，第2批包機遲未成行「卡關就是卡在中國」；中國國台辦則高分貝反嗆，痛批包機卡關是因為民進黨當局一再阻撓，還斥蘇散布「蘇式謊言」，真不知人間還有「羞恥」2字。
中國拒我高規格檢疫包機接回武漢台人，但日方在處理停靠在橫濱港的鑽石公主號上台籍人士時，則選擇接受我方包機、檢疫作法，稍後香港更是比照我「橫濱模式」赴武漢接回滯留港人。
對第2批武漢台人包機，行政院長蘇貞昌昨強調，讓國人同胞回來是政府一直努力在做的，政府堅持弱勢優先、檢疫優先、量力而為3原則。陸委會主委陳明通說，若第2批順利成行，當然會再研議下一波；剩下600名滯武漢台人回台時間仍在協商中。
第2批武漢台人包機之所以能順利成行，據了解，我鑽石公主號包機的「橫濱模式」，與港府高規格防疫模式包機接回港人這兩件事，促成兩岸再次討論武漢包機，兩岸航空小兩會（台灣為「台北市航空運輸商業同業公會」，中國是「兩岸航空運輸交流委員會」）直到昨上午才敲定細節。
知情人士強調，「問題從來都不在飛誰的飛機」，對包機政府採「防疫優先、弱勢優先」原則，考慮到機上感染控制、動線規劃，雖然一班飛機可坐300人，但仍出動兩班次，讓乘客間保持距離、降低感染風險。此外，我還採取3原則，第1，醫護全程隨行，登機前檢疫，航程中乘客不離席；第2，名單由我方確認，確保弱勢優先；第3，最高標準防疫，包括登機前的檢疫、穿戴隔離衣、口罩、指定座位等，回台灣後人員檢疫所隔離14天。
熟悉兩岸人士說，中國同意第2批武漢包機有其政治盤算；先讓港澳派專機接回滯留武漢的人民，再同意台灣派國籍航空與隨行醫護人員前往武漢接人，以對外宣傳「洗白」世界對於中國隱瞞病毒導致全球疫情大爆發的壞印象，未來還可繼續在WHO「說嘴」，強調對台灣疫情盡心盡力。
