蘭嶼核廢料貯存場從1982年開始啟用，專門貯存低階核廢料。低階核廢料是核電廠運轉維護及除污作業中受污染的廢料、設備、工作人員衣物、手套等。從1982年5月到1996年總計存放於蘭嶼共10萬277桶，1996年貯滿後已不再運入，影響蘭嶼5千多人。而高階核廢料則是指使用過的核子燃料棒，則存放在各核電廠內。
蘭嶼人多年來屢次抗爭要求政府遷出，但因核廢料無處可去，至今仍無解。2016年蔡總統就任後，8月1日正式向原民道歉，並下令調查當年蘭嶼貯存場決策過程。
蔡總統昨參加核廢料蘭嶼貯存場補償發布會，表示：「核廢料放置蘭嶼的整個決策過程，當地族人不知情也未曾同意」，侵害到蘭嶼人土地權益，「政府應提出補償，還給族人一個公道。」她並強調，「『釐清真相修補錯誤』是原住民族轉型正義的目標，還有很多工作要做，在今天跨出很重要的一步，補償要點的頒布是蘭嶼重要里程碑。」
行政院發言人Kolas Yotaka（谷辣斯．尤達卡）昨在臉書po出1975年及1978年的兩張公文，證實當時行政院長蔣經國、孫運璿核定在蘭嶼規劃、興建、擴建核廢料貯存場，「未經蘭嶼人同意」、「一放就要40年」。
根據去年出爐的調查報告顯示，1970年台電核能廠已接近完工，當時行政院展開核廢處理研究。1974年蔣經國任行政院長時，原能會呈報政院，建議蘭嶼龍門地區作為核廢貯存場，隔年進行土地徵收。
報告指出，1978年孫運璿任行政院長時，蘭嶼貯存場正式核定，隔年開始興建，1982年完工啟用。但整個過程未取得達悟族人同意，先推說是研究用地，後還稱是建罐頭工廠，會增加當地就業；達悟族人直到興建完成，才知是核廢貯存場。
報告建議對達悟族人進行補償。政院也在上月18日核定「核廢料蘭嶼貯存場使用原住民保留地損失補償要點」，經濟部昨公布補償辦法，由經濟部核能發電後端營運基金一次性撥款25.5億元「回溯補償金」，每3年再提供2.2億元「土地配套補償金」，直到遷場為止。
經濟部國營會說，回溯補償金指的是從1974年計劃建場到2000年正式發放回饋金之間，26年的補償空白期，依現行每3年2.2億元，以當年利率水準加計利息，共回溯補償25.5億元。
這筆錢將捐助成立「財團法人核廢料蘭嶼貯存場使用原住民保留地損失補償基金會」，主要用於族人醫療等生活福祉事項；土地配套補償金則由蘭嶼鄉公所、蘭嶼鄉民代表會循政府預算程序運用。
對此，綠色公民行動聯盟祕書長崔愫欣表示，反核團體關心的是核廢料何時盡快遷出蘭嶼。文化大學經濟系教授柏雲昌則認為，政府撒大錢但沒有解決蘭嶼核廢料任何問題，「25.5億元這麼大的一筆錢，足以買下整個蘭嶼島」，蘭嶼需要的是生態保育。
不過蘭嶼鄉長夏曼•迦拉牧則欣慰表示，25.5億元補償讓蘭嶼人得到安慰，但「補償歸補償，核廢料一定要遷出蘭嶼。」
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