雙北市民眾每日搭乘公車約有210萬人次，過去常因不清楚該上車或下車刷卡，增加民眾困擾，7月上路的新制改為上下車均要刷卡，除了便民，另也蒐集乘客旅運資料，未來可讓分析及規劃公車路線更精確。
在北市上班的劉姓通勤族向《蘋果》投訴，他每天搭新店客運從萬隆站上車扣款15元，到大安森林公園站是一段票，自7月改上下車刷卡後，通常下車時顯示扣0元，但近日卻兩度發現上車被扣款後，連下車也被扣15元，他向業者反映，業者才退還他多付的錢。投訴人氣憤說，業者竟無任何防堵機制，若沒反映就裝傻，不知業者究竟多扣民眾多少錢。
北市公共運輸處指出，7月實施新制後，首周就接獲68件民眾反映被多扣款，經調查多是司機人為疏失造成，北市列管14家聯營公車業者，其中有8家出現溢扣車費情形。公運處並未透露是哪些業者，但強調均依《公路法》開罰9000元，並要求業者加強管理，現已大幅改善。
《蘋果》日前實地測試，公車前後門都張貼「上下車請刷卡」標示，上車後刷卡顯示扣15元，下車再刷卡時，刷卡機顯示扣款0元，並未發生重複扣款。
公運處主祕楊欽文表示，公車上驗票機有進退段設定，當進入緩衝區時，司機須手動調整，若未設定可能導致多扣款，從驗票機後台可查詢是否有溢扣，一旦查獲溢扣，業者除退還差額外，另須賠償乘客100元超商禮券。公運處強調，預計年底前各業者完成驗票機自動進段，將可大幅改善溢扣情形；明年2月起將實施第二階段措施，若民眾未完成上下車刷卡，將無法享轉乘優惠。
投訴人搭乘的新店客運坦承有重複扣款情事，強調目前在驗票機加裝語音，當司機設定時會出現「本段已進段」的廣播提醒。業者表示，造成溢扣可能是司機未依規定進行設定，也可能是刷卡機感應出問題，或票卡本身異常，僅能盡量找出原因改善。
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