同年12月26日，大川隆男法官以「檢、辯雙方的主張激烈對立，爭點及證據的整理十分不易」為由，依職權裁定檢察官、辯護人應進行期日間整理程序（相當於我國《刑事訴訟法》之準備程序），經歷了1年以上，迄2017年12月12日，該項為整理爭點、證據開示所為之整理程序已進行了9次，仍因檢察官未能完全、充分及十足的為證據開示，程序持續延宕，縱使案件十分受到矚目，迄今，仍遲遲未能展開第二次之審理。
事件爆發之初，不僅柳原醫院對於檢察官、警視廳之調查、蒐證方式等大表抗議，許多醫師及病患出於志願而組成「外科醫師守護協會」，約4萬人集體署名要求東京地方法院早日釋放受羈押之關根進醫師，並提出「根據患者的證詞即逮捕醫師，將導致醫療關係之不安，醫療萎縮則將對許多患者造成不利益」等主張，掀起了醫療界、檢察界嚴酷之矛盾與高張之對立。
日本於2016年5月24日修正《刑事訴訟法》，擴大證據開示範圍，新增316條之14第2項，使辯護人得請求檢察官開示證據清冊，雖然同條3項證據清冊的記錄方法仍不夠具體，檢察官亦可因第三人身體、財產損害等理由而不予記載，但比起尚未修正前的證據開示制度，辯護人及被告獲取卷證資訊的權利已經增加許多。
儘管受惠於上開修正案，關根進的辯護人仍強烈主張檢察官對於有利被告之證據有所隱瞞，徒增程序之勞費，且嚴重妨礙辯護人、被告之防禦權利，為了促進公正、妥適之審判，檢察官有全面開示證據之必要性。
在審理之初，檢察官聲請調查之證據高達59項，卻在審理期日一周前才對辯護人為證據開示，其中尚有5項未予開示，而是在法庭內當場交付一個大的茶色信封，辯護人收受之後，驚訝的發出「這是？」的聲音，並強烈抗議「在法庭內才交付，不能說是事前的證據開示」。
大川隆男法官說「期待這是迅速而充實的審判」，逾1年4個月，9次的整理（準備）程序期日，檢察官所列出的證據清冊，仍有未對辯護人開示的證據，整理爭點彷彿仍遙遙無期，很顯然的，迅速審理的期待已經落空了。
我國司法院在以重罪案件為對象的國民刑事參審草案中，引進了先由檢方單獨決定是否開示被告及辯護人準備防禦所需證據的3階段證據開示，並稱此制度能夠促進爭點集中、證據明確、合理保障被告防禦權，進而使得審理更有效率，且認為檢察官隱藏證據之疑慮甚低。
然而，從關根進醫師所涉非重罪之準強制猥褻案件來看，期待檢察官主動開示證據，或賦予檢察官過高之人格期待，在輿論聲浪襲擊、檢方絕不能輸及與龐大醫療體系為敵之壓力下，顯然，被告及辯護人獲知卷證及辯護權利受到犧牲，而爭點集中、迅速審理則是虛無縹緲的海市蜃樓。
律師、台灣刑事辯護律師協會理事
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