對於馬總統突批准翁啟惠辭呈，中研院士曾志朗昨指對翁不公平，「很奇怪、看不懂為什麼在這個時候批准」。中研院士陳培哲認為，之前翁堅持不下台，現在搞成這種局面，是自取其辱。現距馬卸任僅九天，民進黨批馬倉促進行重大事務，恐引爭議。綠委黃國書稱翁「被請辭」內情不單純，質疑馬想重啟院長遴選程序，籲馬別再掀波瀾，把新院長留給準總統蔡英文圈選。
二月下旬浩鼎乳癌疫苗解盲失利後，爆出翁啟惠炒股疑雲。滯美的翁三月二十九日以傳真向馬總統提書面辭呈，但馬指顧及中研院聲譽，三十日批示要翁向他本人及立院說明，未准辭。四月中旬翁返抵國門致歉、否認違法炒股，兩度向馬總統及立法院專案報告，但避談請辭且稱堅守到最後一刻。
曾永權昨帶著辭呈正本及馬信函拜會翁啟惠。馬在辭呈批示，為維護中研院聲譽，經審酌各界高度期待，同意翁啟惠辭職，並批示王汎森等三位副院長留任，並派王汎森代理院長。馬總統信中提及，各界對翁遭檢方訊問等多持「應辭職」看法，蔡英文也指「應尊重翁辭職決定」，中研院前院長李遠哲公開表示「應辭職接受檢調調查」。他審酌各界期待後決定同意翁請辭。
府方人士表示，翁三二九傳真向馬請辭，隔天馬批示請翁盡速回國並向立法院與他報告「再予處理」，非「退回辭呈」，馬當然有彈性處理空間。對於馬總統批准辭呈，民進黨發言人楊家俍昨說，「基本上尊重馬總統職權」，但中研院長人選圈定是重大人事決定，早在上月便建議總統盡速處理，現在距離馬總統卸任只剩九天，為何會拖延這麼久，府應該對外說明。
翁啟惠昨電話未接無法取得回應。中研院秘書長吳金洌轉述，翁從昨起不再參與院務，翁也認為院長職務交由王汎森代理可持續推動院務。翁將回歸基因體中心特聘研究員，專心配合司法調查。對於馬總統將與三位院長候選人面談，中研院稱尊重。
綠委何欣純昨批馬總統「不甘寂寞」，五二○交接將至，應放手不再介入。中研院前研究員、時代力量黨主席黃國昌稱尊重馬總統准辭決定，新任院長應留待蔡英文圈選。藍委賴士葆則認為，新任中研院長遴選過程應該重新啟動，讓蔡英文來負責。
翁啟惠上月二十日遭檢調約談，被懷疑利用女兒翁郁琇當人頭，在中研院技轉之際，私下擁有浩鼎股票，可能與浩鼎存在對價關係，依涉犯收賄、背信等罪列被告，限制出境。翁上月底透過律師遞交答辯狀，交代購股資金來源，檢方不排除再傳翁說明。
翁啟惠請辭獲准後，是否仍會邀翁參加六月初在美國舉行的ASCO（美國臨床腫瘤醫學會）？浩鼎主管昨說，仍依照計劃進行，至於翁是否參加，無法代翁回應。
