翁啟惠從三月底涉入浩鼎案後紛擾不斷，檢調因懷疑翁啟惠在中研院將乳癌新藥技術轉移給浩鼎後，私下利用女兒翁郁琇當人頭收受股票，上周三檢方破天荒搜索中研院研究中心、院長辦公室，並將翁列貪污收賄、背信等罪被告且限制出境。
翁啟惠昨與馬總統會面時，先向馬出示一份信函說明立場。翁信中指出，對浩鼎乳癌疫苗解盲發言、未主動揭露女兒持股引起社會疑慮，導致檢調介入調查，重創中研院及個人聲譽，也造成馬困擾，他再次向馬致歉。但翁向馬保證，絕無內線交易、操弄股價，且女兒購買浩鼎股票資金也來自父母，更無賤賣中研院技術或貪瀆情事。
翁啟惠強調，三位中研院長候選人名單已選出，因遴選過程與結果引發外界諸多紛擾，他擔心若在此時辭職，「不但造成人事極大動盪，也引起國際關切，甚至影響我國際聲譽。」翁希望馬若同意，他願授權由副院長處理中研院重要行政事務、檢討倫理規範及職務利害衝突等事項。
據了解，翁啟惠向馬總統報告時表示，他若請辭，外界會解讀他認罪，所以拒辭，且他與律師研究過，對自身清白有信心。翁還提及，中研院三位副院長要與他同進退，請辭會造成人事大亂。馬雖回應，政府組織法規未規定院長請辭副院長也要辭，空缺可由副院長暫代。但翁堅稱，中研院與其他行政機關不同，故他不能辭。
馬總統與翁啟惠會談無共識，總統府發言人陳以信會後表示，翁會中並未向馬總統請辭，僅表示願配合提前辦理院長交接。但馬總統強調，此事涉及中研院聲譽，翁的決定恐與外界期待有所落差，希望翁再慎重考慮。民進黨發言人王閔生昨表示，為維護中研院聲譽，民進黨認為翁已不適任院長，應盡速辭去院長職務，讓國家最高研究機構盡快回復正常運作。
中研院祕書長吳金洌證實，翁啟惠一旦辭職，副院長、祕書長、院本部兼任主管都要卸任，所以翁希望馬總統盡快選定新院長，讓他提早交接，「讓中研院業務沒有空窗期」，希望一、兩周內就有人接手。因院長僅是行政職，翁卸任並不影響其研究計劃，及院士、特聘研究員身分。
對翁啟惠提及不能請辭的理由，林德福昨批，這些都是推托之詞，翁應立即請辭，不要讓中研院跟著蒙羞。他還建議馬總統應直接將翁撤職，由中研院副院長代理院長。藍委曾銘宗也說，中研院聲譽已受傷害，翁請辭是「越快越好」，否則拖越久，只會讓自己更難看。吳思瑤批，翁列被告對中研院傷害已造成，應知所進退，不要無知過了頭，「真的扯遠了！」
中研院院士劉紹臣認為，翁若請辭，代表翁自認做了不對的事，但法律判決前應以無罪推定，翁在解盲前賣了十張浩鼎股票，是否為內線交易也尚未認定，希望輿論能給翁一些公平角度。中研院院士曾志朗認為，翁上周曾說會「堅守崗位」到最後一分鐘，昨未請辭有一致性，翁應也想證明自己清白，外界應採無罪推定原則，不該未審先判。
3/29 人在美國的翁啟惠致電總統馬英九，以健康為由請辭，但馬在電話中未同意，請翁盡快返台說明
3/30 翁啟惠以電子郵件向馬總統二度請辭，馬批示：「盡速回國向本人及立法院報告後再予處理，以維護中研院之聲譽」
4/15 翁返台後即進府與馬總統會面，全程未提請辭
4/18 翁至立法院教育委員會備詢，改口不會辭職，會堅持崗位到最後一分鐘
4/25 翁再進總統府見馬總統，除否認涉貪外，也未提辭職，僅強調若新院長及早出爐，他願提前交接
資料來源：《蘋果》採訪整理
