依高鐵規定，列車營運過程若遇天災或高鐵設備故障等非旅客因素，導致部分區間停駛，旅客可要求高鐵免費送回起始站並退還實收票價，或中止乘車，由高鐵退還未乘車區間票價；但旅客自行中斷搭乘，則無法申請退票。
本月6日美濃發生大地震，高鐵因設備受損、台中以南被迫停駛逾1天，12萬旅次面臨退費。地震也震出高鐵退票漏洞，民眾吳小姐投訴，她買板橋到嘉義自由座票價1015元，列車到台中即停駛，她已搭區間板橋到台中是645元，1015元扣除已使用的服務，應退票價370元，不料高鐵卻片面規定退還未搭區間365元，讓民眾少退5元，痛批高鐵規定不合理。
《蘋果》以台北搭自由座南下到桃園等9條路線將碰到的45種中途停駛狀況進行退費試算，發現高鐵版算法（退回未搭區間），在12種狀況下比民眾版算法（扣除已搭區間）少退5元或10元，民眾從台北到左營若碰到在新竹、苗栗等7個停駛點將虧5元，從台北到嘉義若碰到在台中等3個停駛點將虧5元或10元。
若從台北搭自由座到桃園、新竹、苗栗、台中或台南，就算碰到停駛，高鐵退票規定都相對有利或跟民眾版退票無差異。從台北搭標準車廂南下的45種停駛情況，則僅有2種情況對民眾不利，為台北到嘉義途中被迫停駛在苗栗或彰化，民眾將虧10元。
行政院消保處副處長吳政學表示，雖然高鐵算法對多數民眾有利，但不能因此損及部分民眾權益，應在各種停駛情況都擇優退費，將行文交通部要求高鐵檢討。消基會名譽董事長謝天仁也指，高鐵停駛已造成民眾不便，退費又產生差別待遇，應檢討退費方式。
高鐵表示，因自由座推出9.7折優惠，打折後票價個位數採無條件退位法，尾數退回0或5，部分區間因此便宜5元，2個區間自由座車票打9.7折再退位時，價差最多可達10元，對於旅客反映的退費問題，將研議是否有更好的辦法。
退費每次少個5至10元，若常搭高鐵，長期算下來就會覺得虧很大。
退費的計算方式應該更精準一點，目前情況聽起來覺得不太合理。
金額不多可接受，但應把購票金額扣除已搭乘區間的金額來退較合理。
