根據檢調掌握多份檢舉關鍵公文，二○○八年二月衛生署召開「研商新制醫院評鑑之健保給付原則」會議，針對忠孝院區等六家醫院，討論核定給付，賴進祥明知妻子陳淑廷當時擔任忠孝院區醫務長，仍親自列席會議。據了解，原本會議記錄顯示，決議給予五家評鑑「優等」的醫院「區域醫院給付」，表現較差、唯一評鑑僅「合格」的忠孝院區，則予健保給付額度較低的「地區教學醫院給付」。
但會議記錄呈報賴進祥後，賴卻涉用筆刪改多處內容，另加註「原核定健保給付方式無法律依據，一旦實施對各該醫院將發生難以回復之損害，因此如其業已依照法定程序提出申復，請健保局暫緩原處分之執行。」並指示部屬重打公文。
同年四月，衛生署欲發給健保局的公文，內容原載明忠孝院區「給予地區教學醫院給付。」賴進祥涉再次動筆將文末句號改為逗號，另加註「如其已經依法申請複核，請以專案之方式個別處理，並暫時停止原處分之執行。」
健保局接獲衛生署公文及忠孝院區申複案，雖同意自同年五月起暫比照「區域醫院給付」，但仍駁回申復案，忠孝轉向衛生署提多項訴願，事後衛生署由賴進祥擔任主委的訴願委員會，做出的決定書均對忠孝有利，健保局才在二○一○年補付忠孝二○○八年一至四月的健保給付差額五百九十三萬元，期間陳淑廷也升任忠孝副院長。
二○一○年底，衛生署政風室接獲檢舉，調查發現賴曾參與有關會議，並在訴願決定書上蓋章，卻自稱該案「處理過程本人從未過問，決定書內容本人從未過問」，政風報告直指「賴主秘除於本案關聯之文書批核內容有不實情事，其未予迴避而參與行政處分（過程）」。
政風室建議「本案擬移請監察院參處」，當時署長楊志良在二○一一年一月四日閃辭前批示「如擬」，不料，楊下台後此案未被移送監院，直到日前立委黃偉哲質疑吃案逾兩年，衛生署才在上周將全案移送監察院，調查局台北市調處接獲檢舉也分案究責。
賴進祥昨表示，多年前有人檢舉此事，都查無實證，但「就是有些人三不五時要凌遲我」，當時他身為主秘，職務本須「修改」大量公文，這並非「竄改」，而他雖兼任訴願委員會主委，但「我為避嫌，根本沒參加當天審議。」
楊志良則回應，該案後來政風室查無具體事證，也否認曾指示將此案送監院。《蘋果》昨聯繫不上現任署長邱文達。賴妻陳淑廷則回應：「一切按程序辦理。」健保局表示，若監院調查確認有弊，溢發的給付將全數討回。
黃偉哲昨說，他向衛生署調資料後發現，會議記錄報告確實遭到塗改。黃偉哲說，若真如檢舉人所說，是賴進祥所指示塗改，那就涉嫌塗改。
學歷：
．中興大學法律系學士
．台灣大學國家發展研究所碩士
現職：衛生署副署長
經歷：
．環保署環境檢驗所主秘
．中央健保局財務副總
．衛生署參事兼總核稿、衛生署主秘
資料來源：衛生署
2008/02/21 衛生署開會決議對評鑑僅「合格」的忠孝院區，給予較低的「地區教學醫院給付」，評鑑優等醫院則給較高的「區域醫院給付」
2008/03/15 衛署主秘賴進祥的妻子在忠孝院區當醫務長，賴男在前述會議記錄事後修改「原核定…無法律依據…如其已依法申複，請健保局暫緩執行原處分。」
2008/04/15 衛署發給健保局公文僅要給忠孝院區「地區教學醫院給付」，賴男再加註「如其已申請複核，請……暫停執行原處分。」
2008/06/04 忠孝院區不服被列「地區教學醫院給付」，向健保局申複被駁回，改提訴願
2008~2010 賴進祥是衛署訴願委員會主委，歷次決定都對忠孝院區有利，健保局補付該院的給付差額
2010/12/31 衛署政風室調查認定賴進祥批核相關文書內容不實、未利益迴避，建議移監察院參處
2011/01/04 衛生署長楊志良下台前對政風室調查結果批示「如擬」，但該文遲未發出（賴進祥夫婦先後升官）
2013/02/25 立委質疑衛署吃案2年，賴男才被移送監察院；檢調分案調查
資料來源：《蘋果》採訪整理
中央健保局主秘蔡淑鈴昨說，醫院層級依規模依序為醫學中心、區域醫院、地區醫院、診所，皆可向該局申請醫療給付，前3等級醫院可申請醫院總額，診所則申請基層總額。
醫院總額現約3500億元，其中43%撥給醫學中心，40%給區域醫院，17%給地區醫院，規模較大者，按理可申請到較高給付。衛生署區分醫院層級，憑藉醫策會每2年1次的醫院評鑑，評鑑降級或升級。
點我訂閲新聞信
