廉政署編制一百八十人，包括一百零三位辦案主力即廉政官與廉政專員，但目前僅選出六十多位廉政官，來源包括曾參與偵辦北投纜車與南港展覽館弊案的政風人員、法官集體收賄弊案的調查官、力霸案的檢察事務官及掃黑績效卓著的刑警，搭配二千三百多名「潛伏」在各行政機關的政風人員，並收編原有「政風狗仔隊」之稱的政風特蒐組，組成專責反貪、防貪及肅貪的大軍。
對於外界質疑廉政官是雜牌軍，廉政署籌備官員反駁，只要稍加磨合與訓練，絕對可讓廉政署成為打擊貪污的「變形金剛」，在肅貪的領域上和調查局分別扮演「檢察官的左右手」，未來政風單位發掘的貪瀆情資，將不再移送調查局，而是交由廉政署偵辦。
法務部官員透露，廉政署籌設初期就已鎖定警察貪污案。署長周志榮不諱言，近年陸續發生台中角頭翁奇楠命案、花蓮警員集體收賄案、基隆警員包庇麗晶遊樂場收賄案、北市警中山分局包庇色情酒店案，凸顯警紀敗壞，成為頭號廉政公敵。
此外，去年爆發法官集體收賄案，廉政署認為有必要嚴加整頓，未來一、二審法官或檢察官貪污案，除非涉貪人數一審超過三人、二審逾兩人或有三審司法官涉案，須由特偵組偵辦，否則都由廉政署立案調查。
對於可能成為廉政署首波開鍘對象，警政署表示，已訂定警察機關廉政實施方案，加強預防、查處，「希望員警都有基本意識，絕不貪污，也不敢貪污。」有基層警員反嗆：「沒有貪污不用怕。」另名警員質疑：「廉政署不是要查公共工程貪污嗎？若鎖定警察收賄，過去調查局已有相同業務，何須編列經費成立廉政署？」
過去負責肅貪的調查局基層調查官也認為，成立廉政署根本是疊床架屋，調查局公共關係室主任汪忠一說：「調查局會堅守崗位，積極偵辦貪瀆案件。」
民間司改會常務理事高涌誠也看衰廉政署，認為做好廉政工作，並非設立專責組織就好，更要有完善的法律規範，例如增訂不違背職務行賄罪，就可能反而增加犯罪黑數。檢察官協會理事長施慶堂則祝福廉政署，能將貪官污吏一掃乾淨。
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