銅鑼科學園區還有部分聯絡道未完成，仍一片田園。吳傑沐攝
一審判決指出，何智輝在2001、2002年間，利用在立法院審查國科會預算職權，以提案刪減約200億元預算機會，多次向國科會所屬的科學工業園區管理局施壓，逼迫勒索科管局在補償對象還沒確定前，兩次發放2億2000多萬元獎勵金，給他妻子王素筠擔任董事的農林公司，其中1億3000萬元被何智輝拿去償還債務，剩下的則被農林董事長熊名武挪作私用。
法院調查，何智輝為順利勒索，不但兩度提案刪減國科會預算，事成後，打電話要熊名武的特別助理溫世才拿獎勵金支票，還得意的對溫世才說：「這些人（指科管局官員）就是不見棺材不流淚。」
1995年間，何智輝為爭取苗栗縣長連任籌措資金，以個人投資的久俊工商綜合區土地，向新竹企銀、國華人壽三度貸款，非法貸得7億5000萬元。
2006年一審重判何智輝19年，他上訴高院，仍獲判15年重刑，他上訴後最高法院發回更審。沒想到2年後，高院更一審居然判他無罪，高院判決的種種無罪理由，都讓高檢署檢察官大呼不可思議，立刻向最高法院上訴。
檢方上訴其中一個理由是，據證人及監聽資料，發現何智輝利用立委職權施壓科管局，讓農林公司獲得獎勵金，再用來還債。但高院卻認定，何智輝與熊名武因買股票而有資金往來，沒證據認定何智輝獲利，判決理由離譜。
更扯的是，高院還認定行政機關在立院審預算時，本來就受到壓力，何智輝態度強硬，但沒讓官員心生畏懼。
一名不具名的辦案人員憤怒地說：「在卷證裡，明明有許多證據可以證明何智輝施壓、收賄，高院卻當沒看到，還判決無罪，使專案小組的心血付諸流水。」
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