預算中心更質疑中研院出國計劃執行成效不彰，去年度中研院出國報告共提出研究建議四百三十四項，但被採納數僅四十六項，採納比率只有一成，顯然預算編列浮濫，執行又欠缺具體成果以利考核。
中研院總辦事處處長葉義雄昨晚說，還沒拿到報告，不清楚書面內容，了解細節後才能回應。
綠委李俊毅批評中研院出國考察人次確實誇張，考察交流須與業務成效聯結，「若沒有，就是假考察真旅遊。」
藍委賴士葆則說，兩年前就認為中研院出國經費太浮濫，提案刪減，但中研院堅持有很多國際會議須參加，所以只刪了一點點。賴認為，中研院學者若確有出國必要，應看出國報告成效來論斷預算是否編列不當。
預算中心也批評財政部賦稅署，早在二○○○年蕭萬長任行政院長時，為推動取消軍人免稅，調高志願役軍士官每月勤務加給作為配套補貼，少將以上一萬元、校級軍官八千元、上尉以上自願役六千元，調高至今九年多，卻未完成修法，推動賦稅改革成效不彰。
綠委黃偉哲抨擊，軍教免稅只是國民黨糊弄全民的口號，當時蕭萬長提出課稅多少補貼多少，給軍士官做待遇加給，卻遲未取消免稅制度，「根本是變相加薪，國民黨是故意的！」
賦稅署署長許虞哲則解釋，今年六月已將取消軍教免稅案送立院審查，將在立院審查總預算告一段落後，敦請立委盡速審查通過。
對於法務部，預算中心提及監所過度擁擠，其中台北看守所每人竟只有零點四三坪，影響對收容人教化、輔導品質，也有侵害人權之虞。藍委邱毅說，除收押浮濫外，將原本應視為病人的煙毒犯視為罪犯，也造成人滿為患。
另外，特偵組因偵辦扁家相關案件聲名大噪，預算中心建議特偵組應研議設置網路專區，公布相關辦案結果。
◎中央研究院 檢討項目：出國考察旅費
中研院近幾年國外旅費預算都逾億元，且出國人次及天數浮濫，出國計劃又變更頻繁、內容簡略，無法判別出國事由是否與研究業務有關，或是藉出國考察之名，行度假之實
◎外交部 檢討項目：對外援助
我國與友邦建交所提供援助均編列預算，或透過國合會辦理貸款投資，但過去8年與馬其頓等國斷交，產生鉅額損失及負債都由全民承擔，到底因斷交損失多少錢？外交部應說明
◎陸委會 檢討項目：預備金
陸委會99年度第一預備金從20萬元大幅增加為200萬元，由於歷年均為20萬元且都未動用，驟增必要性有待商榷
◎賦稅署 檢討項目：軍人免稅
為促成取消軍人免稅，蕭萬長任行政院長時就調高志願役軍士官兵每月勤務加給，加給調高至今九年多，仍未完成取消軍人免稅修法
◎行政院消保會 檢討項目：辦公室面積
預算員額64人，但辦公室面積為3369平方公尺，平均每人面積達52.64平方公尺，遠超過規定，太浪費應重新劃設
資料來源：立院預算中心評估報告
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