雖然當時做決策的是新聞局，但因電視業務後來已轉由國家通訊傳播委員會（National Communications Commission，NCC）接手，因此東森Ｓ台才會對ＮＣＣ提告。ＮＣＣ法律事務處長高福堯昨說，在政府一體的精神下，「ＮＣＣ會概括承受」，但如果要賠等於是全民要賠，會上訴到底。對於是否向姚文智求償？高福堯說：「訴訟程序還在進行，現在談這個問題言之過早。」
二○○五年間，東森電視台向新聞局申請更換東森新聞台、東森新聞Ｓ台的執照，而當時因違規被處罰最多的是東森新聞台，其次是三立新聞台，東森新聞Ｓ台則排第三。但新聞局認為，三立新聞台已有進步，卻以違規情形嚴重，新聞節目比率太少不符營運計劃等理由，撤銷東森Ｓ台執照。離譜的是，姚文智當時曾公開說：「東森Ｓ台為東森新聞台之代罪羔羊。」
雖然東森Ｓ台經ＮＣＣ同意後，於二○○六年七月復播，如今則轉型為財經台，但仍打國家賠償官司，索賠停播三百四十七天的損失三億七千餘萬元。
曾審判禿鷹案等指標案件的法官趙子榮認為，新聞局沒有先要求東森Ｓ台補正營運計劃，還拿處分次數只排第三的東森新聞Ｓ台開刀，不僅有疏失，還違反平等原則及違憲之虞，而姚文智「代罪羔羊」的說法，顯示他故意不讓東森Ｓ台換照，形同判處業者死刑，因此判決ＮＣＣ要賠償。
趙子榮更在判決書中指出，藍綠對決時代，應避免政治勢力用藉口打壓、箝制或干涉媒體自由，還強調「媒體有決定顏色的自由，但顏色沒有箝制媒體的自由」。
東森電視台副總李惠惠昨表示，呈報董事會後，由董事會統一說明。姚文智昨表示：「尚未看到判決，但法院如認為新聞局侵犯自由，就相當荒謬。」姚文智除建議ＮＣＣ上訴外，也質疑：「為何判決結果，跟Ａ了台灣千億的王家（指曾擁有東森的力霸集團王又曾家族）利益一致？」
針對這項判決，律師賴芳玉表示贊同，因為政治人物不能公器私用，以政治立場、顏色來干預言論的內容、方向，新聞局當時撤照就有行政恣意的情形，該判決很有指標性。
2005/03/04 東森電視向新聞局申請換發新聞台、S台頻道執照
2005/08/01 新聞局長姚文智開記者會說明個電視台因違規被處罰情形，最差的是東森新聞台，其次是三立，第三名是東森S台，但因三立有進步，且東森新聞台與東森S台屬同公司，考量集中資源，決議撤銷東森S台執照
2006/03/01 國家通訊傳播委員會（NCC）成立，成為電視台主管機關
2006/04/17 NCC同意東森S台換照
2006/07/19 東森S台復播
2007/09/07 東森電視台向NCC請求國賠3.7億元遭拒，決向法院提訟求償
2008/11/19 台北地院認定，新聞局前局長姚文智故意把東森S台當代罪羔羊，審查委員會確有疏失，判東森勝訴，可獲國賠3億4869萬元
資料來源：《蘋果》資料室、判決書
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