六十三歲的呂秀蓮是台大法律系畢業、哈佛大學法學碩士，與同為台大法律系畢業、哈佛大學法學博士的國民黨總統參選人馬英九，政治立場不同，但兩人都因特別費案必須在法庭上為自己清白辯護。
昨天上午九時十五分，呂秀蓮在數十名國安、憲兵人員大陣仗保護下出庭，她身穿黑色繡花套裝及桃紅色線衫，兩耳還戴著珍珠大耳環。數十名支持者則手舉標語，高喊：「呂秀蓮，清白！」她與支持群眾握手致意後，一站好一樓採訪定點，就將砲火對準特偵組，一講就是十分鐘。
呂秀蓮怒嗆：「特偵組選擇性辦案、起訴，傷害司法。」「我不是第一屆副總統，若要調查應從第一屆全面清查。」她還說：「檢方起訴馬英九特別費，到後來台北地院判他無罪，明顯看出檢察跟司法單位的認定標準也不一致，這樣的司法應由誰來還最後公道？這是歷史共業，不該由任何個人承擔。」然後她準時走進二樓第七法庭開庭。
庭訊中，呂秀蓮否認貪污，駁斥檢方起訴她指示秘書蘇妍妃等人，蒐集發票詐領五百六十三萬餘元國務機要費與特別費。另外，蘇妍妃、隨扈盧孝民、總統府工友兼青年工作團成員蔡素芳，及副總統辦公室科技諮詢委員會聘兼人員連秋斐等四名被告，全都否認犯罪。
呂秀蓮說，不知道總統府行政處理過程，錢是每個月出納拿到辦公室，根本沒有主動指示詐取財物。她說：「我不會過問行政慣例事務，我也不是第一位副總統，但指示幕僚一切依照府內相關規定，相信他們也會遵守，包括特別費、特支費。」
呂秀蓮並強調，每月十五萬元是總統拿國務機要費撥給她的，屬犒賞性質，況且這些錢從未存入銀行，她都是用來犒賞、慰問、捐贈或急難救助，花費超過領取金額，這些內容都在偵查中表達過，為何三次偵訊卻獨在最後這一次看不到筆錄，起訴書也隻字未提。
對於檢辯雙方調閱不到的第三及第八號這兩份卷證及筆錄，合議庭請起訴呂秀蓮的特偵組檢察官侯寬仁說明，但侯未說明，庭訊一小時即結束，法官將擇期再開庭。合議庭庭訊後表示，特偵組移送卷證中確實有以「機密」封存的兩份筆錄與兩箱原始發票憑證，已請檢方確認封存原因，再決定是否開放閱卷。
侯寬仁昨天在庭訊後表示：「檢方偵辦首長特別費案，都依個案調查證據認定有無不法，絕對沒有標準不一情況。」侯寬仁也說：「呂副總統若對筆錄內容有疑問，或認為有漏記情形，應當庭要求變更，就像今天法院開庭時要求更改筆錄一樣，怎麼會簽字後才提出質疑？」
公訴檢察官則解釋，這兩箱卷證及筆錄，主要涉及總統每月撥用國務機要費十五萬元給呂秀蓮、一萬兩千元給民進黨前主席游錫堃使用，因為被陳水扁總統列為國家機密出現爭議，所以檢方才暫時封存，決定由法院裁定是否公開審理。
由於呂秀蓮是現任副總統，出庭前後法院內外都有上百名維安、憲兵部署戒備，連地下室餐廳及停車場都不放過，未出現衝突場面，只有兩位紅衫軍老伯來插花，很快被警察帶走。
．我完全不承認犯罪，檢方今天指控的，跟起訴書上寫的不一樣，也跟事實不符。
．我從沒主動去領任何費用，是出納單位主動把錢送到我辦公室。
．在國務機要費案和馬英九特別費案起訴前，我沒有對請領過程有特別了解，沒有明知違法還去用詐術領取。
．我不是第一位進入總統府的副總統，一切都尊重府內相關單位既有指示，我從來沒有也不需去過問，我連請領的憑證來源都不知道。
．總統國務機要費撥的15萬元特支費，在我的了解是犒賞性質。
．我就任副總統以來，出納單位交給我的錢都沒存入銀行，都用在公務招待、犒賞、慰問及捐贈慈善團體，和看媒體報導新聞捐的急難救助費，總額遠遠超過我所領的，這些我在偵訊中都有明確跟檢察官表示，但很遺憾起訴書中隻字未提。
資料來源：庭訊內容
2002/03/05 曾文惠
被前立委謝啟大等人指控運美鈔赴美，自訴謝等人誣告罪後出庭應訊。
2003/11/13 李登輝
新瑞都案出庭作證。
2005/06/24 連戰
新瑞都案出庭作證。
2006/07/20 趙建銘
台開案被告。
2006/07/20 陳幸妤
台開案請求擔任趙建銘交保的證人，陳幸妤欲「救夫」，但未獲法官准許發言。
2006/12/15 吳淑珍
國務機要費案被告。
2007/10/15 施明德
紅衫軍違反《集會遊行法》案被告。
2007/11/19 呂秀蓮
綠天王特別費案被告。
資料來源：《蘋果》資料室
第七法庭出庭名人
