比較謝不起訴和馬一審獲判無罪的理由可發現，台北地院和特偵組分別認為兩人在公職期間，因公招待或餽贈、犒賞的支出，都遠低於他們以領據支領到的半數特別費總額，所以不構成犯罪。
另外，當初法院認為司法權應尊重行政審計權責，不應介入、干涉領據支領的半數特別費流向與用途，可是特偵組堅持應追查不法，在詳加清查謝、蘇的帳戶金錢流向後，才以「無法追查，未發現不當」等理由，認為兩人無侵佔或挪作家用的嫌疑。
特偵組在不起訴處分書指出，謝長廷帳戶內每個月都有多次大筆轉帳，都是公益使用，雖然有幾次出帳無法證明用途，但事實上謝的支出已比領款多出一倍以上。特偵組檢察官沈明倫表示，檢方偵辦謝、蘇的認定和當初偵辦馬案一樣，「甚至有過之而無不及」。
沈明倫雖表示不便對仍在審判中的馬案作出任何評論，但「馬領特別費後的支出比入帳還少的情形，和謝完全不同，兩者不能比較。」沈指出，特偵組對謝、蘇用領據領取後再匯入帳戶的錢，都會清查帳戶金錢流向，結果謝、蘇兩人每月支出都高於入帳，不像馬還有剩餘的金錢留存在帳戶內，而且兩人轉入帳戶的特別費，後來都是用現金提領，因此檢方無法再深入追查用途和流向。
律師余文恭則指出，馬英九和謝、蘇最大的不同就在於，除了馬入帳的特別費有剩餘外，經檢方追查後，還可以證明馬按月把錢使用在非公務的家用上，因此當時檢方用相同標準起訴馬。
而特偵組昨天不起訴謝、蘇的主要理由在於，檢方針對需用原始憑證報銷的特別費部分，清查兩人提出的統一發票、免用統一發票收據類和餽贈犒賞等單據，一共清查了五百一十家公司行號，並把所有可以查出的付款人約談到案，都未發現謝、蘇有用不實憑證詐領首長特別費情形，另外半數用領據支領部分，也沒查出流入謝、蘇私用。
特別的是，台北市長辦公室前秘書余文，因私自拿不實發票報領需單據的特別費而遭起訴，而謝長廷擔任高雄市長時的台北辦事處主任陳雨鑫，也被查出涉嫌向他人索取六張私人發票報帳，不過因金額僅兩萬多元，被檢方認定犯罪金額過低，依職權不起訴，而馬、謝則都被認定不知情而無關犯罪。
．起訴：呂秀蓮（副總統）、游錫（民進黨主席，案發時為總統府秘書長、行政院長）、陳唐山（總統府秘書長，案發時為外交部長、總統府秘書長）、蘇妍妃（副總統辦公室秘書）、盧孝民（副總統隨扈）、蔡素芳（總統府青年工作團成員、工友）、連秋斐（副總統辦公室科技諮詢委員會聘兼人員）、楊寶玉（游錫之妻）、蘇昭英（行政院長辦公室主任）、劉建忻（行政院長辦公室秘書）、賴淑芬（行政院長辦公室秘書）
．不起訴：謝長廷（總統參選人，案發時為高雄市長、行政院長）、蘇貞昌（副總統參選人，案發時為台北縣長、總統府秘書長）
．職權不起訴：陳雨鑫（高雄市政府參事兼台北辦事處主任）
．緩起訴：許晏禎（副總統辦公室秘書）、陳雅君（總統府員工）、簡瑞隆（陳唐山秘書）、蔡玲音（外交部部長室秘書）、林義雄（外交部部長辦公室主任）
資料來源：最高檢特偵組
．獲不起訴處分：特別費案
．特偵組偵辦中：玉皇宮政治獻金案、高雄發展聯誼會收受政治獻金案、高雄銀行董監事改選案、高捷BOT不適用《政府採購法》有無弊端、高捷物價調整款爭議案、高捷公辦六標廠商行賄案、高雄巨蛋BOT招標案、統一夢時代購物中心開發弊案、王文正涉入高雄正副議長賄選案、高雄市燈會獻金弊案
資料來源：《蘋果》資料室
