北京奧組會執行副主席蔣效愚批評，台灣當局和中華奧會臨時反悔，是「單方面違反協議」，此舉不顧4點共識和雙方達成協議的路線，也違反《奧林匹克憲章》「體育和政治分開」原則。對此，陳水扁總統昨反批，台灣沒有後不後悔的問題，因為一開始，我方就已堅持不可矮化台灣主權，無論如何聖火都要「國進國出」。
蔡辰威也反擊：「談的過程中本來就可能有變化，這不能說反悔，何況對方公布的會談紀要根本不具備效力。」對於「政治干預體育」指責，他反問：「哪個國家不干預體育？國格受到侮辱，當然不能接受，接下來只要是北京能提出政府接受的路線，我就能接受。」他並說：「聖火路線不是不能改，所有嚴重後果我已跟相關單位報告過了，如果最後政府決定不參加北京奧運，我也無可奈何。」
蔣效愚昨帶著一疊文件召開記者會。他表示，去年11月北京奧組會向中華奧會等組織發出聖火接力邀請，12月28日蔡辰威回函表示接受。蔣效愚也拿出蔡辰威今年2月12日簽署承諾聖火入台的會談紀要，以及今年3月27日蔡辰威的回函，上頭載明明年聖火從胡志明市到台北市再到香港。
蔣效愚說，4月20日蔡辰威突致函表示台灣主管機關要求聖火到台北，須從第三國進、出；北京奧組會4月25日致函中華奧會，表示「不能理解」，要求遵守共識。他對台灣當局、中華奧會不接受聖火傳遞路線感到驚訝，至於聖火不能傳遞到台北，北京奧組會「已做了準備」。
對於北京奧組會主動出擊指責我方，陳總統強調，之前的共識就是，作為一個主權國家，主權不應被矮化，他並反問：「過去奧運會就是這樣啊！怎麼北京奧運變這樣？ 」行政院長蘇貞昌在立院答詢時，針對若中國以「中國台北」稱呼我奧運代表隊，會否參加北京奧運？他強調「我們絕不參加國家主權被矮化、被侮辱的場合」。
據透露，蔡辰威2月12日簽下會談紀要後，即已將中國提出的路線方案帶回台灣，當時規劃路線就是「胡志明市-台北-香港」，不過中方並未告知聖火其他路線，相關單位討論後同意接受。因此中華奧會在3月27日致函表示對此路線「沒有意見」。
中華奧會秘書長陳國儀說，不過2月12日後，中國官方在各種場合都以「中國台北」稱呼台灣，中國媒體也一律以「中國台北」稱呼台灣，甚至最近高雄市府官員前往北京推銷2009年世運會，也遭拒發簽證，他說：「我們明顯感受對岸打壓，矮化台灣意圖相當明顯，溝通後無效，才會在4月23日做出不接受聖火來台的決定。」
陸委會副主委劉德勳則批評，這次聖火在台北上空飛過三次才抵達台北，「路線不自然」。
針對這次聖火爭議，東吳大學政治系主任羅致政表示，政府的決策應是一個月內時空環境已改變，兩天內先是WHO香港籍的秘書長陳馮富珍公開表示，台灣不是一個主權國家，沒資格申請加入WHO，接著中國宣布台灣作為聖火的國內路線，呼應陳馮富珍談話，中國打壓台灣很明顯，這是「設計好的狀況」。
文大政治系教授楊泰順則說，政府的決策有點「鬥氣」，也不排除是為了選舉製造議題的考量，我方應思考如何在其他場合平反，而非讓國際社會認為我不理性，破壞奧運精神，「受傷的是自己」。
第3點載明：中華台北奧委會確保北京奧運會火炬接力活動在中華台北奧委會轄區內順利進行。
2007年3月27日我回函內容
中華奧會主席蔡辰威於回函附件載明，聖火在2008年4月30日從胡志明市到台北市，5月1日從台北市到香港。我方並未表示反對。
