明天即休會的立法院必須另行集會處理覆議案，在野黨表達強烈不滿，並表示將否決覆議案，以立院朝小野大生態，覆議案通過可能性很低。
行政院秘書長卓榮泰痛批，立院審查結果等於是對五權憲法的挑釁，嚴重侵犯行政權、變相綁票，「四院開門，三院受阻，兩院失和，一院獨大」，對憲政造成嚴重對立與危機，前所未見，措詞強烈。
行政院表示願協助考試院與司法院提出覆議，考試院表示，今天將研究提覆議案的適法性問題，司法院則說暫不回應。
立法院會表決通過，暫緩實施百分之十八軍公教優惠利率改革方案，並要求蘇花高速公路恢復動工，否則將凍結行政院三分之二預算；還決議要求美國牛肉在政府提出安全保障方案、美方建立「食品履歷」等制度後，始得開放進口。
眾所矚目的重大軍事採購案，包括愛國者三型飛彈、潛艦配合款及P3C反潛機等預算全數刪除；至於南沙太平島興建機場的「太平專案」，最後藍軍退讓，准予補提編列。
國親與台聯因對「二次金改」政策有疑慮，聯手提刪除四百零二億五千多萬的釋股預算。
行政院發表五點聲明指出，對審查結果強烈遺憾，軍購預算被刪除，嚴重影響國家安全，而二次金改釋股及科專預算被刪，也嚴重影響國家經濟發展。二○○九年世運主場館新建工程及美國牛肉是否開放，後者立委要求送立院同意的手段，根本阻礙行政效率，侵犯行政權。
行政院並批評，立法院對行政院、考試院、司法院等預算無理刪減，對總統職權做了若干限制，又拒絕行使監委人事同意權，可說是「一院獨大」。以軍公教退休所得合理化方案為由，凍結考試院預算，根本就是阻擋改革，而以蘇花高公路興建問題，凍結行政院預算，也是「變相綁票」。
對此，國民黨政策會執行長曾永權痛批，行政院的作法只是製造朝野對立，親民黨團總召黃義交反駁，行政院是誇大、混淆視聽，合議制的立法院怎可能獨大？真正會獨裁專斷的是行政院，指控立院干預政務推動，可說是「欲加之罪、何患無辭！」而民進黨團總召趙永清抱怨說：「應該要商量一下吧！」台聯黨團總召何敏豪則說樂觀其成。
