縣市長選舉，藍軍維持北、中部優勢，在綠油油的南部地區則單點突破，拿下嘉義市。南部7縣市（包括雲林縣、嘉義縣市、台南縣市、高雄縣、屏東縣）藍綠票數各有進展，國民黨得票從2001年的106萬9000多票，成長到此次選舉的117萬6000多票，民進黨也從124萬票，成長到143萬1000多票。
雖然如此，國民黨中常委連勝文說，陳水扁的「老巢」台南縣，國民黨才輸民進黨1萬6000多票，顯示民心思變。中常委林奕華也說，選舉結果顯示，過去綠營忠貞的南部選民向扁說：「我們不再相信你了！」
國民黨多數中常委認為，選戰勝選，馬英九個人光環發揮了極大效用，林奕華期盼馬英九未來加強草根感，拉近與民眾之間的距離，她說：「這場選舉已為國民黨朝2008重新執政的目標，邁進了一大步。」
馬英九確實卯足全力，打響這場選戰處女秀，選前他獨排眾議，賭上自己的黨主席職務，成功將泛藍選票凝聚到國民黨，並使親民黨邊緣化；對外，一連串以弊案疑雲為標的的攻堅，成功瓦解綠營鬥志；馬英九安內攘外，重振了國民黨從2000年以來的士氣。國民黨黨內高層說：「未來泛藍還是要借助馬英九的光環，完成整合，而這些力量將成為馬向2008邁進的最佳後盾。」
選舉之初，馬英九面對國民黨長期以來受地方派系牽制、盤根錯節的狀況，顯得無所適從，他坦言，就算國民黨勝選，也不可能完全讓派系消除。但他選擇以政黨政治為出發點，企望在未來的選舉中，黨的利益能凌駕派系利益之上，他公開說：「黨有決策，派系就要配合。」
中常委蔣方智怡認為，這次選舉顯示選民期待不一樣的選舉方式，國民黨未來勢必要脫離派系掌握，選民會越來越有主見，需要的是乾淨的選風。政策會副執行長張榮恭也說，選舉總體結果顯示，藍綠之間的版圖出現反差，民進黨不僅版圖在縮小，連基本盤都在縮小中。
選後，馬英九還要面對一連串的考驗，唯有通過黨內外諸多考驗，才能順利邁向2008年的目標。然而，3個半月輔選場次共311場，馬英九終於掛病號！他因長期以來使用聲帶過度，嚴重喉嚨不適，遵醫囑今天除一早祭亡父外，取消一切原訂行程在家休息，順便陪陪老母親。
