這次縣市長選舉，民進黨席次萎縮到6席，相較於2001年政黨輪替初期，民進黨拿下9席，以及1997年民進黨還是在野時，奪下12席；一路下來，民進黨節節敗退。諷刺的是，民進黨在野時成功完成「地方包圍中央」，執政後，不僅是國會，地方政權也被藍軍全面包圍。
民進黨主席蘇貞昌昨晚承認這次選舉重大挫敗，宣布辭職，一肩扛下敗選責任。至於代理主席問題，親近陳總統人士說，要由中常會去決定，陳總統不方便表示意見。
昨晚民進黨設在中央黨部的開票中心在確定敗選後，彌漫一股低氣壓，來自宜蘭的「田媽媽」痛哭失聲，婦女部主任徐佳青在台上忍不住掉淚。蘇貞昌、總統府秘書長游錫堃、行政院長謝長廷面色凝重，率領一級黨工在台上向全體支持者三鞠躬表示感謝，陳總統則並未現身黨中央，陳水扁幕僚說，現在大家都要沉澱，這種氣氛下，總統選擇暫不出面發表談話；至於何時出面回應敗選相關議題，幕僚低調指大家都要冷靜反省。立委黃偉哲認為總統不應逃避，王世堅則說「總統應是難過的說不出話」。
民進黨慘敗，是否換閣揆眾所矚目。親近陳總統人士指大家都需要休息，「短時間內不會談換不換閣揆的事情」。但某民進黨重量級人士表示，民眾把這次選舉當成對執政黨的期中考，「選舉結果這麼糟，這個時候陳總統還不更換閣揆，恐怕不能給支持者一個交代」，他預測更換閣揆可能性很大。
行政院長謝長廷曾表示，選後不論輸贏，內閣都會做調整，只是調整幅度大小而已；謝揆昨晚在黨中央敗選記者會上表示，「敗選的因素很多，不應由黨主席或個人獨立承擔」。行政院秘書長兼發言人卓榮泰說，目前最重要的是維持整個政局的穩定，「繼續將政務好好推動，也是一種負責任的態度。」至於謝揆昨晚是否與陳總統聯繫，以及如何調整內閣人事，目前態勢不明確。
縣市長慘敗，黨內各派系立委也將矛頭指向陳總統。正義連線立委郭榮宗指陳總統「講的太多」，且講話常「凸槌與變調」，他建議總統應「好好做他的國家元首」，意志力不要凌駕黨中央，「不要管那麼多」。
福利國系立委林育生則批評，陳總統選前談及他與謝揆的關係，這些話顯示國家領導人的領導統馭「出了狀況」；林育生也認為，阿扁首先應該為敗選先說「對不起」，這是謙卑的第一步，其次，阿扁的幕僚應撤換，換成能夠容納多元聲音的幕僚。輔大影像傳播系主任林維國、台大政治系教授葛永光也認為，扁、謝要為敗選負最大責任。
