台灣人權促進會昨為陳義雄家屬抱屈，該會顧問魏千峰律師質疑：「專案小組到底是根據何種法律帶走陳義雄妻兒？在調查過程中，是否依據《刑事訴訟法》告知家屬得保持緘默，無須違背自己的意思陳訴。」
尤伯祥強調：「陳義雄已死亡，犯罪的核心事實無法證明，但警方在保護家屬和偵查不公開的情況下，壟斷家屬以取得筆錄和供述證據。」
魏千峰也說，陳義雄妻子在道歉錄影帶中，「她說的話是否出於自由意志？有沒有律師在場陪同？都讓外界質疑專案小組是否符合程序正義？」台權會呼籲，檢調單位應讓具有公信力的人權團體或人士到場關心與了解，保障陳義雄妻兒的人權。
針對司改會、人權團體批判，刑事局副局長林德華說，檢警訊問陳義雄家屬時，完全依法律規定全程錄音、錄影，這部分屬偵查不公開範圍，日後若法律允許公開，絕對可以接受各界檢視。他也強調，筆錄上都已記明受訊人各項權利，是家屬表示不用律師到場。
另外，因為陳義雄持有的改造手槍下落不明，但警方調閱武英、大智街口的錄影監視器，拍到陳義雄跑步從武英街左轉進入大智街，但大智、大勇街口的監視器，就沒有看到陳義雄，研判他轉入大智街一百二十九巷，銜接永華路一百四十四巷，之後越過水萍塭公園跑回家，因此，三一九專案小組警員昨天帶著兩具金屬探測器，從金華路三段十二號到十六號之間的「開槍熱區」展開搜槍行動，可惜並無所獲。
附近居民說：「槍如果真丟在這裡，快一年了還找得到嗎？」也有居民說：「就算是掉在水溝裡，光是清溝泥的已不知道清了幾次！難道都沒撈到槍？不要作秀了！」
台南地檢署檢察長劉惟宗說，為加快尋找兇槍將建議上級對提供線索民眾從優給予獎金，外傳一千萬至二千萬元，但他不願證實。另據ＴＶＢＳ報導，陳義雄的大姊昨表示，他相信弟弟是清白的，根本就沒有遺書存在，指弟陳義雄妻子應是受脅迫才承認自己丈夫涉案。
雖外界諸多質疑，但三一九槍擊案專案小組台南地檢署檢察官王森榮透露，過年前與同事到開基武廟參拜求籤，當時籤文提及：「年來耕稼苦無收，今歲田疇定有秋。」暗示今年案情會有重大收穫，現在想起來頗為神準。此外，陳義雄的家屬及姊夫黃維藩被專案小組安置隔離保護，外傳人在台南市的劍橋大飯店，但警方昨否認。
