空軍佳山基地政戰部主任張士乾指出，不明男子身著黃色雨衣，頭戴安全帽是由外環道路的涵洞口往衛哨兵崗哨方向投擲，因衛兵崗哨位置相當高，歹徒投擲的力道不足，一枚汽油彈掛在鐵絲網上，另一枚掉落衛兵旁的散兵坑草地上。
張士乾說，當時在崗哨值勤空軍警衛營士兵李俊昌發現後，立即通報安全管制中心，由基地的消防車趕往現場，並以強力水柱噴灑，掛在鐵絲網上的汽油彈，被大水沖落到草地上熄滅，另一枚也很快被撲滅。
這名男子在投擲兩枚汽油彈後，往新城鄉北埔村方向逃逸，衛兵由崗哨往下方的外環道俯瞰，並沒有看見任何車輛，也沒有聽到車輛的引擎聲，歹徒的動機不明。
張士乾說，基地平時與附近居民互動良好，戰機飛安與噪音問題，經協調後已獲得居民的諒解，這一方面引起糾紛較不可能。目前已經加強基地周邊的衛哨兵安全警戒，同時也派出機動巡察，確保基地安全。
由於正值總統大選進入白熱化的敏感階段，軍方高度重視，負責偵辦的花蓮憲兵隊已向花蓮警方商調附近曾犯有類似案件的可疑者資料，正在過濾特定人士。此外，因基地位於蘇花高速公路的預定地附近，也有人懷疑是反蘇花高者的抗議舉動，但無法證實。
空軍佳山基地目前由空軍教育準則發展司令部駐防，負責空軍的戰力訓練，以高山為靠，挖掘多條戰備坑道，戰時可提供各聯隊停放各式戰機，目前坑道內有封存的近百架F-5E戰機，空軍四九九聯隊幻象兩千戰機、魔法二型短程空對空飛彈、雲母主動雷達導引中程空對空飛彈，以及花蓮空軍基地四零一聯隊F-16戰機裝備與武器等。
立法院國防委員會立委林進興懷疑此事是「中國第五縱隊」有意藉總統大選造成島內紊亂，要求軍方立即檢討國軍反滲透、反破壞的應變能力，並要求軍方能恢復專責測試各部隊應變能力的「天威部隊」，以隨時驗證部隊在防範突變與突襲時的反制能力。
國防部強調，外界不要過度聯想，此為「單一事件」，對於基地警衛安全，各軍種都已加強檢討，正繼續加強各基地衛哨警戒及阻絕設施配置。
【王烱華╱台北報導】佳山地基是空軍保留戰力的最後堡壘，一九八五年初國防部為了綢繆中國犯台時，保存戰力，由前參謀總長郝柏村奉前總統蔣經國核定，在花東地區興建地下化機堡，其中在花蓮的就是「佳山基地」，而在台東則以「建安計畫」作為代號。
佳山基地內部坑道、機庫相當複雜，主要設有七個相通的戰備坑道，可分為作戰指揮、人員生活、飛機停放、飛機維修、機電動力與彈藥儲存等區；每一個坑道分有多個厚重的匝道，水電無缺、可以抵抗核生化、毒氣、轟炸。平時提供作戰訓練、儲放武器裝備，戰時可作為戰機撤退保存。
每個洞庫口都有防爆門，以保護洞內的安全，這也是遠東地區最大規模的地下空軍基地。
因佳山基地相當隱密，國軍建軍備戰中有重要的戰略功能，連國際軍事界都相當好奇，因此在二○○三年六月間，就曾發生查獲有多名外籍人士，在佳山基地周邊，以拍照、攝影方式記錄F-16戰鬥機起飛及降落時間，經情治人員調查，懷疑可能涉嫌竊取空軍機密，蒐集情資。
一九九八年三月，也曾發現三名大陸人士蒐集此基地軍情與資料，雖然查無實證，但因佳山基地身居軍事要塞，數度因為「諜影重重」引起軒然大波，也打響了在一般人印象中相當神秘的基地名號。
