國防部聯合後勤司令部說，行政法院對此案並未實體審酌，而是「程序駁回」，無所謂敗訴的問題，聯勤司令部還是會按照行政執行程序，繼續追討。
國防部官員說，行政法院肯定聯勤司令部追討林毅夫撫恤金的行政處分，只是認為追討行動不須要提起行政訴訟，聯勤司令部會持續追討。
現擔任北京大學中國經濟研究中心主任的林毅夫受訪時說，他很高興，因為時空如果換成是二十年前，他根本不敢想像國防部會敗訴。是否想回台灣？林毅夫說父母均已過世，回來與否不急於一時，如果能夠回來，也不希望成為社會新聞話題。
林毅夫住在宜蘭的大哥林旺松獲知國防部敗訴後，雖然口說「平常心」，但臉上難掩喜悅之情，並立即打越洋電話給目前人在美國的林毅夫。林旺松說，撫恤金是給父母的，父母已不在人世，雖然數目不多，但國防部不該討這筆錢。
根據國防部調查報告，林毅夫一九七九年五月十六日深夜，駐紮當年反共最前哨的金門馬山連，因不明原因失蹤，軍方全面搜索仍不見林毅夫的蹤影或屍身，因此依《軍人保險條例》，一年後核定林「宣告意外死亡」，發放家屬撫恤金四十七萬元。
去年五月林毅夫父親林火樹過世，林毅夫申請入境奔喪；國防部表示至此才知道林當年抱著兩顆籃球，泅泳叛逃投敵，因此去年五月三十一日依《軍人撫恤條例》，核定註銷林毅夫的死亡撫恤案，並向家屬追討其撫恤金。
不過家屬表示，國防部早知林毅夫叛逃，當年的總政戰部主任王昇將軍為此還曾向蔣經國自請處分，只是基於安定民心、維護軍方士氣，才要求林毅夫妻子陳雲英配合以「陸上失蹤」處理，如今國防部沒道理再來追討撫恤金。
法官審理後認為，國防部確定林毅夫並未死亡而撤銷其撫恤案，家屬當年所具領的撫恤金，即被視為公法上不當得利，自然有返還義務，軍方也在去年去函追討撫恤金，如果家屬逾時仍不歸還，也沒有提出異議和行政救濟，國防部得逕移行政執行處強制執行，向其追討撫恤金，用不著再向行政法院另起訴訟，因此判決國防部敗訴。
