今天是蔡英文總統就任的第一天，往後四年她將面臨台灣的新挑戰，由於這次府會合一，並沒有出現分裂政府的情況，是以憲法修正似乎沒有立即的危機。然而，如果我國政府體制要繼續採行雙首長制的設計，則未來的憲法修正議題，勢必將很快的面臨討論。
我國中央政府體制改革之進程，從1987年解嚴到現在，都未曾中斷過。但解嚴之後，雖然經過七次修憲，仍然有許多問題亟須解決，也使近年憲政運作的實際過程中，產生不少困擾與爭議。
首先就是總統與行政院長之權力重疊，左右共治時易生衝突。1996年總統直選後，總統根據憲法條文所享有的權限，與選民所期待總統發揮的角色與功能，有相當大的落差。例如，在國家安全與兩岸關係的事務上，依據憲法規定，由總統決定國家安全以及兩岸關係方面的事務；然而憲法卻又規定，這些相關事務的執行交由行政院所屬國防部與外交部來負責。如果臺灣出現左右共治時，行政院與總統府就這些相關事務有意見不一致的情形，即會引起憲政上的爭議。
其次，歷屆總統令人困惑的問題就在於總統有權無責、行政院長負責對象不明。根據目前憲法規定，立法委員不能質詢總統，只能質詢行政院院長；是以當總統在實際上對重大政策具有影響力時，幾乎無法受到監督，只能更換行政院長了事。而依據目前憲法的相關規定，行政院院長是由總統直接任命而無須立法院同意，但是憲法也繼續維持了行政院院長必須向立法院負責的規定。如此一來，在未出現左右共治之時，固然沒有問題，但當出現左右共治時，行政院院長在決定重大政策時，究竟應該是聽命於任命院長的總統、抑或是必須對之負責的立法院，即有疑義。
其三，目前我國欠缺行政與立法僵局之解決方式。在行政院與立法院之間，欠缺一套有效解決僵局的機制，也是目前憲法規範上的主要缺失。根據現行憲法，立法院可以對行政院院長提出不信任案，但是總統或行政院院長卻無法主動解散國會，只能被動等待立法院提出行政院院長不信任案後，再來解散立法院。倘若立法院不對行政院院長提出不信任案，總統或行政院院長便沒有解散立法院的機會。如此一來，立法院因為不想被解散而必須重新改選，便不願意提出行政院院長的不信任案；但在另一方面又可能反對行政院院長的人選或杯葛行政團隊所提出的重大政策，而使得行政院與立法院兩院陷入僵局，造成政府運作的空轉。
最後則是總統交接空窗期過長的問題。目前我國的總統與立委選舉合併舉行，然而因為新任立委必須在二月一日就任，而總統卻在五月二十日就任，當合併選舉時，就會出現新任總統早在一月選出，卻遲至五月底才就任，不僅造成所謂「九局下半」的政局空窗，也讓任期僅剩三個多月的政務官呈現無心於政務的心態，當有憲政危機的可能性。
這四個中央政府的體制問題，都必須要透過修正憲法才能實現。準此，我國應該認真思考究竟應朝純總統制或純內閣制的方向作政府體制的設計。而若是在現行制度的架構下進行修憲的話，以下幾部分可以考慮修正：
首先，我國必須邁向徹底的法國原始設計，由總統主持行政院院會，以符合權責相符的政治理論。其次，應讓總統擁有主動解散國會的權限，將總統的國會解散權與國會對行政院院長的不信任案加以分開，以避免行政立法間的僵局。不過，此種權力的行使亦應有所限制，立法院因解散而改選後一年內，不得再予解散，以避免總統或行政院院長常常藉機解散國會，反而造成政局不穩定。最後，則是總統選舉制度的配套，將總統選舉與立委選舉分開舉行，並且由現行的相對多數制改為絕對多數制，使總統的權力與其民主正當性強度相符。
五月二十日，是民主進步黨完全執政的第一天，然而就憲法修正的步伐，卻不應該因此而緩慢下來，在完全執政的現狀下，或許更有機會從事中央政府體制的改革，值得國人思考。
